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NTRK融合基因相关临床研究及检测方法知多少?

时间:2022-11-09 00:31:46

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NTRK融合基因相关临床研究及检测方法知多少?

最近的加速获批Larotrectinib(获FDA批准用于治疗携带NTRK基因融合的成年和儿童局部晚期或转移性实体瘤患者,且不需考虑癌症的发生区域)让NTRK融合基因成为网红,那么什么是NTRK呢?

NTRK融合基因介绍

NRTK全称:神经营养型受体酪氨酸激酶(Neurotrophic Receptor Kinase)。NTRK基因包括三种亚型:NTRK1、 NTRK2、 NTRK3,分别位于不同染色体上。NTRK编码的蛋白叫做TRK蛋白,NTRK1、NTRK2、NTRK3分别编码TRKA、TRKB 、TRKC 三种蛋白[1-3]。

TRK蛋白是受体酪氨酸激酶的一种:包含膜外的配体结合区、跨膜区和细胞内激酶区域[1]。TRK蛋白与配体结合后,发生二聚体化,细胞内的酪氨酸激酶磷酸化后,向下游传递信号[4]。

正常人体环境中,不同TRK蛋白亚型与不同神经营养因子结合,调节中枢和外周神经系统中各类神经元的生长,分化和凋亡[5-8]。

NTRK基因融合突变是由NTRK基因家族成员(NTRK1、NTRK2、NTRK3)与另一个不相关的基因(通常为管家基因)融合在一起,编码的TRK融合蛋白处于结构性激活状态,引发持续性的信号级联反应,驱动细胞的恶性增殖,引发癌变[9, 10]。医学界将广泛存在于肿瘤中而与原发部位无关的基因形容为tumor agnostic,NTRK就是tumor agnostic。

NRTK基因融合在某些罕见肿瘤(例如:分泌性乳腺癌,乳腺样分泌癌(MASC),婴儿纤维肉瘤)中发生频率高;而在常见肿瘤比如说肺癌,乳腺癌种发生频率极低。可谓是大肿瘤小突变,小肿瘤大突变[11]。

国内,浙江大学医学院附属第一医院采用NGS技术在CRC,SCLC,纤维肉瘤等11种肿瘤的5388名患者中筛选到22名NTRK融合阳性患者,突变率仅为0.4%[12]。

TRK家族蛋白是酪氨酸激酶,如果能抑制激酶活性,就能抑制癌症生长。TRK抑制剂的原理就是抑制激酶的活性,目前在研的TRK抑制剂有以下几种,其中罗氏的Entrectinib和LOXO/拜耳的Larotrectinib的进展最为迅速[13],Entrectinib在5月就被FDA授予了突破性药物资格,前文已提到的larotrectinib在今年11月26号获FDA批准上市。

Entrectinib多个临床研究的疗效和安全性整合分析

Entrectinib(RXDX-101)是一种口服的ATP竞争性酪氨酸激酶抑制剂,该药物在体外和体内实验中对TRKA/B/C,ROS1,ALK融合等靶点显示出了非常好的活性。在今年的ESMO大会上,公布了Entrectinib三个关键试验STARTRK-2、STARTRK-1和ALKA-372-001中NTRK融合肿瘤的汇总分析的结果。其中STARTRK-2是II期basket study(篮子实验),即检测到NTRK融合并符合其他研究入组条件,无论哪种肿瘤类型患者皆可入组研究。主要研究终点是客观缓解率(ORR)和持续缓解时间(DOR),次要研究终点包括无进展生存期(PFS),总生存期(OS),颅内ORR(IC ORR)及 颅内DOR(IC DOR),安全性和耐受性[14]。

总共纳入54名患有局部晚期或转移性NTRK基因融合的实体瘤患者(来自15个国家150多个临床中心),包括非小细胞肺癌、乳腺癌、甲状腺癌、结直肠癌等10种肿瘤类型,超过19种病理学组织分型。其中42.6%患者接受过2线及以上的前线治疗,22.2%患者基线伴有脑转移。

结果显示Entrectinib的整体ORR为57.4%,如下图:

CNS患者ORR为50%,说明具有强效的CNS活性,如下图:

mDOR为10.4m,mPFS为11.2m,mOS为20.9m:

并且Entrectinib具有良好的血脑屏障穿透性,一半以上的CNS患者的颅内病灶缩小,ORR 54.5%,其中27.3%的患者完全应答。颅内持续应答时间尚未评估,中位颅内PFS为14.3m。

对于安全性:NTRK融合阳性肿瘤患者大多数不良事件(AEs)为1/2级,治疗中断或剂量减少均可改善,实验中仅不到4%患者因不可耐受停止治疗。

Larotrectinib多个临床研究的疗效和安全性整合分析

Larotrectinib(LOXO-101)靶点更为专一,主要针对NTRK融合突变。在今年ESMO会议上公布了Larotrectinib三个关键试验中NTRK基因融合肿瘤的汇总分析的结果,主要研究终点是客观缓解率(ORR),次要研究终点包括无进展生存期(PFS),DOR,安全性和耐受性[15]。

分析了122名患者(包括初始数据及补充数据)的抗肿瘤活性,共计24种类型肿瘤和13名不明肿瘤类型患者。研究结果显示:患者总体ORR为81%,至截止日期,有13名患者未进行第一次疗效评估。

PFS、DOR还未达到,初始随访:17.6个月,补充数据随访:7.4个月。122名患者中,73%的患者仍在使用Larotrectinib进行治疗。

对于安全性,122名患者中仅有11名患者进行了药物减量处理,1名患者由于药物安全相关事件停止用药。

NTRK 检测方法

精准诊疗,检测先行。NGS,RT-PCR,IHC,FISH哪一种技术更适用于NTRK融合检测呢?

首先对于RT-PCR法:只可检测已知突变,且NTRK融合断点可位于外显子和内含子,三种亚型较长的基因序列造成了融合断点的多变性,给RT-PCR的体系设计造成极大的挑战[11]。

再者对于FISH法:一组FISH分离探针通常用于一种基因的融合突变检测,NTRK三种亚型位于三条染色体上,因此检测pan-NTRK融合需要三组探针,文献报道的NTRK1和NTRK2断裂探针多是研究者自己设计合成的,未见有商品化探针[16, 17]。

其次对于IHC法:目前文献报道的Pan-TRK的抗体有两种,克隆号分别为EPR17341和C17F1的兔单克隆抗体。Gatalica Z等人的报道显示前者抗体的灵敏度为75%,与NGS的方法相比会漏诊一些NTRK融合患者[18];Murphy等人的研究结果显示C17F1抗体具有100%阴性预测值,不会有漏诊情况,但阳性预测值仅为9.3%[19]。Pan-TRK可用于NTRK融合检测还需要进一步优化。

最后对于NGS:目前100多例NTRK阳性数据,大多数为经过CLIA认证的实验室用不同大小的NGS panel检测出来的,其中有Foundation Medicine、Memorial Sloan Kettering Cancer Center和University of Washington。NGS检测包括基于DNA水平及RNA水平:从DNA水平检测融合对样本要求不高,新鲜组织、FFPE样本均可,但是由于融合发生位点的不确定性,对于一些内含子序列较长的基因,比如NTRK2和NTRK3,通过DNA全面覆盖各类融合突变比较困难。而从RNA水平检测融合可以比较好的解决这个问题,但对样本要求很高[11]。

ESMO推荐检测策略:在已知具有高频率NTRK融合的特定类型肿瘤中利用FISH或RT-PCR方法直接确诊;非特异性类型肿瘤若条件允许可使用NGS的方法直接确诊,否则的话可先使用IHC的方法初筛而后使用NGS确诊[20]。

对几种方法做一个对比,如下:

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