在令人惊叹的公元前六世纪，在希腊本土以外的殖民地地区，这一次仍然是小亚细亚的爱奥尼亚，诞生了一位谜一般的思想家，他是希腊哲学的奠基者之一，这个人就是赫拉克利特。
公元前540年，他出生在一个艾菲斯的贵族家庭里，后世也称他为“晦涩哲人”。赫拉克利特是一个离群索居者，他蔑视民众，敌视民主政治。在生活和思想上，他都独辟蹊径。他把他的思想写进了《论自然》中，他的思想尖锐独特，写作风格形象生动，表达简洁明快，并且由于其格言式的简短句型——或许是故意为之——而晦涩难懂。不管怎么说，他遗留下的一百多个著作残篇给人的印象就是如此。赫拉克利特上了年纪之后就完全与世隔绝，他隐居山间，以食植物为生，过着一种遁世者的生活，或许他是西方的第一位遁世者。赫拉克利特蔑视那种纯粹的博学多识，他旁敲侧击地讥讽几位比他早的思想家，他说：“博学并不能训练人的头脑，如果能的话，它早就使赫西俄德、毕达哥拉斯和色诺芬尼变聪明了。”他认为，问题的关键在于，能够找到解开宇宙之谜的钥匙。
赫拉克利特也认识到世界多样性的背后存在统一性。但是，他不像巴门尼德那样，认为存在是稳固不变的，变化和杂多只是一种错觉。不过，他也并不与此相反，认为万物皆处于永恒的流变之中。在这一点上，他常常被人误解，既被后来的评论者误解，也被他的同时代人如巴门尼德误解，巴门尼德关于存在的学说正好与赫拉克利特相反。赫拉克利特有一句名言：“人不能两次踏入同一条河流”（因为这期间新而又新的水不断地往前流动，我们自己在第二次踏进河流时也发生了变化）；而且他的另一句名言“万物流变，无物常存”虽然并不是出自他遗留下的著作残篇中，但是，古代和现代的学者都一致认为，这句话的确出自赫拉克利特之口。他也许曾深刻地体会到时间以及永恒变化的奥秘。不过，他的思想的伟大之处并不仅在于此，还在于，他在不间断的河流背后发现了一种统一性，即一种统一性原则，多样性中有统一性，统一性中有多样性。 [18] 在赫拉克利特看来，世界的运行是由“逻各”支配的，“逻各斯”不是被创造的，而是永恒存在的。这个词能不能被准确地翻译呢？它可被理解为“话语”、“理性的言语”、“原则”、“规律”，后来也或多或少地被理解为一种抽象的“世界原则”。它的真正意义是不确定的，尤其因为赫拉克利特自己并没有给它下一个清晰的定义或在语言上澄清这一概念。或许他只是为他所指的那个东西起了一个名字，就此而言，他是个“纯朴”的思想家。
赫拉克利特似乎也认为存在一种原始物质，但是，他所理解的原始物质并不是米利都人所称的水或气，他称之为“原始火”。根据永恒的宇宙法则，万物都是从火中产生的，也都消灭而复归于火。他所说的火并不是字面意义上的火，而是具有一般的引申义，或许我们可称之为一种原始能量。在他眼里，这种“原始火”似乎又是一种神性的东西，并且也居于人的灵魂之内。
从这种原始能量中持续不断地发展而来的世间万物遵循着一个伟大的原则，即对立统一原则。一切发展都是对立的力量相互作用的结果。“神就是昼与夜、寒与暑、盈与缺、战争与和平”。在观念与观念、人与人、男与女、阶级与阶级、种族与种族之间的斗争中，形成了一个和谐的世界整体。在这个意义上，“战争是万物之父，是万物之王”。一切事物都与其对立面共存亡。所以，那种渴望结束战争永享和平的观念是错误的，因为，创造性的对立关系一旦消逝，就会出现彻底的死寂和停滞状态。故而，当一个人的所有愿望和目的都已达到，这对他来说也是不利的，因为，正是由于疾病，才使人感受到健康的愉悦；正是由于存在恶，才显出善的珍贵；正是由于饥饿，才使人产生吃饱后的满足感；正是由于人生的辛劳，我们才享受到生活的安逸。
赫拉克利特关于对立面的相互依存和相互作用的学说首次为辩证发展理论奠定了基础，这一学说在他死后又在黑格尔的辩证法和马克思的辩证唯物主义那里获得了新生，这或许是人类思想史上解决生成之谜的一种最成功的尝试。（需要注意的是，“辩证法”一词具有双重含义，在古希腊人那里，它的原意是指在谈话和辩论中的论证艺术，也引申为“对话”；在现代的发展理论中，它是指对立的力量在持续不断的相互作用下产生事物的发展和进步——在这里，“对话”不是在各执一词的哲学家们之间展开的，而是在现实世界相互对立的力量之间展开的。）
如果我们把“逻各斯”理解为支配万物的世界理性，而人也是它的一部分，我们死后，我们的灵魂也将复归于它，就如同“一束火光在黑夜中消失一般”，那么，赫拉克利特也许就因此背弃了古希腊的多神教信仰，而倾向于对一神教的信仰。如果赫拉克利特对此没有自觉的意识，那么，他的那句话——“对于神，一切都是美的、善的和公正的；人们则认为一些东西公正，另一些东西不公正”——或许就已经显露了他的这一倾向。
赫拉克利特和他的前辈及同时代人一样，不仅关注外部物质世界及其假设的形成原因，而且还关注人的灵魂深处——他不无自豪地说：“我探究了我自己”——并且把人及其行为纳入到一个形而上学的语境之中。在希腊哲学家之中，只有柏拉图和亚里士多德的思想在深度和广度上能够与赫拉克利特比肩。
赫拉克利特的思想产生的影响不仅仅在于由此产生的一个学派，他的影响还一直持续到我们这个时代。他的“逻各斯”概念后来被应用到了基督教神学之中；他的对立统一的学说在黑格尔那里又得以复兴；斯宾塞的进化论也与他有着不解之缘；他的战争是万物之父的思想在尼采和达尔文那里再度回响了起来。这个哲学史上的晦涩神秘人物遗留下的著作残篇变成了永不枯竭的知识源泉。
