从规模上来讲，山东大学要明显优于上海交通大学。两家高校都是以合并院校冲击985工程大学的，只是山东大学合并的学校实力差距并不大；而上海交通大学合并的学校差距极大。上交大先后合并了上海农学院和上海第二医科大学。上海第二医科大学早在八十年代初就被评为全国重点大学；而上海农学院始终默默无闻，即使到今天也是如此。
山东大学是文理出身的高校；上海交通大学则是工科出身的高校，但是上海交通大学主力其实是上海船舶学院，同原交通大学关联并不大。原交通大学的主力是机械、电机、铁路和航海，而上海交通大学的主力是船舶制造。建国初期，海军薄弱，急需建设和加强，这使得船舶的教研相当重要，才有了上海交通大学成长的空间，不过当时整体实力要比山东大学略差一些。
上海交通大学发展起来是90年代之后的事情了，随着全国人民从“嘴里”省下的300亿资金，建设了上海宝钢之后，捋顺了上海工业的发展基础。而钢铁产量和质量提升，促使造船、汽车、海洋等行业的成长，也给上海交通大学的发展提供了物质保障，经济基础。也是从这时起，上海交通大学才开始腾飞，再经过合并院校之后，彻底超越了山东大学。
总体来看，上海交通大学的实力胜过山东大学，主要是因为上海交通大学在工科、商科、医学方面要领先于山东大学，而且涉及的学科和专业相对更为广泛，更有实力一些。虽然山东大学人文社科和理学方面，也有超越上海交通大学的项目，但是相对整体来看，数量和领先程度方面，还是上海交通大学更具优势！
