华中科技大学是南京工学院，而上海交通大学前身其实是上海造船学院，两所学校早期的实力差距并不大，可以说在某些方面华中科技大学要更具优势一些。但是两地在改革开放之后的差异地位，决定了两所学校实力差距。改革开放初期，上海上马了宝山钢铁公司，这就为上海的钢铁制造提供了基础，而直接导致下游产业高速发展，使得以造船为主的上海交通大学发展速度明显快于华中科技大学。
在进入985工程大学期间，两所学校都合并了多所学校，但是上海交通大学还合并了几个研究所，这就使得上海交通大学不仅学科扩展方面得以加强，同时学科建设质量也得以提高。另外上海经济的发展速度也要明显快于武汉，上海交通大学自然拉开了同华中科技大学之间的差距。工科高校更需要实践基础和项目投入，否则很难出成果，积累自身经验，提高自身实力，而这些方面都是华中科技大学的弱势。
上海交通大学和华中科技大学虽然都在走综合性高校，但是都比较偏工科专业，相对来讲上海交通大学更是如此。一方面是因为上海是的经济发展速度快，基底大，同时也是因为国家对上海投入更多之故；另一方面武汉市相对资源较少，而且竞争有比较多，集结了很多实力派高校，这就使得华中科技大学竞争中夺食，相对损耗也要更大一些。
总体来看，上海交通大学的综合实力要胜过华中科技大学一些。这个结论是符合历史客观条件而做出的判断。首先上海交通大学是c9成员，华中科技大学并不是，而这九所高校都是国内顶级高校，所以上海交通大学要更强一些。华中科技大学在国家科技三大奖方面也要比上海交通大学略差一些，这说明在对国家贡献方面来讲，上海交通大学也要占有一定优势！
