小麦纹枯病是由半知菌亚门丝核菌真菌侵染引起，病菌以菌核承受病残体在土中越夏、越冬。小麦播种后开始侵染，一般于小麦拔节后开始明显发病，并不断侵染和侵染。一般春季温暖潮湿有利于发病。
小麦纹枯病病菌的菌核和菌丝在被害植物残体上或在土壤内越夏或越冬,成为初次侵染的主要菌源。被害植株上的新病斑可长出菌丝,伸出寄主表面,向邻近的麦株蔓延进行再侵染。冬麦播种过早、太密,冬前麦苗过旺或使用氮肥过多,麦苗徒长的麦田,以及春季遭受低温寒害、脱肥或灌水太多的麦田,发病均较重。秋冬温暖,翌年春季多雨潮湿的天气,施用带病残体且没有腐熟的粪肥,以及酸性土壤,均有利于发病。小麦品种间的抗病性有明显差异。
小麦纹枯病发病适温20T左右。凡冬季偏暖，早春气温回升快，阴雨多，光照不足的年份发病重，反之则轻。冬小麦播种过早、秋苗期病菌侵染机会多、病害越冬基数高，返青后病势扩展快，发病重。适当晚播则发病轻。重化肥轻有机肥，重氮肥轻磷钾肥发病重。高沙土地纹枯病重于黏土地、黏土地重于盐碱地。
纹枯病是属于主要由担子菌亚门禾谷丝核菌CAG-1等为主的优势菌丝融合群。病菌在夏季通过菌丝或菌核在土壤和病残体上可以进行安全的越冬，在进行播种后适当的进行调节温度和湿度会开始侵染和破坏。小麦的纹枯病是一种典型的土传型病害，菌核病和菌丝在土壤或残疾体内进行越冬，是第二年的主要传染源，土壤中存在病毒的有机肥也会进行传播该疾病，此外，进行农业操作也会进行传播。
初次侵染的主要菌源主要来源于在被害植物残体上或在土壤内越夏或越冬的菌丝和菌核，被害植株上的新病斑长出菌丝后，可向邻近的植株蔓延进行再侵染。冬麦播种过早、太密，冬前麦苗旺长或氮肥施用过多，麦苗徒长，或春季低温冻害、脱肥、灌水太多的麦田，发病较重。秋冬温暖，来年春季气候潮湿，粪肥带菌，酸性土壤，均有利于麦田发病。
种子带菌或田间病残体带菌，浸染后再循环。
