病菌的菌核或菌丝在被害植物残体上，或混入粪肥中，或在土壤内越夏或越冬，成为初次侵染的主要菌源。田间耕地、施肥、浇水等农事操作可使病菌扩散。被害植株上的新病斑可长出菌丝，伸出寄主表面，向邻近的麦株蔓延进行再侵染。冬麦播种过早，太密，冬前麦苗过旺或使用氮肥过多，麦苗徒长的麦田，以及春季遭受低温寒害、脱肥或灌水太多的麦田，发病均较重。秋冬温暖，次年春季多雨潮湿的天气，施用带病残体作粪肥而没有腐熟的，以及酸性土壤，均有利于发病。小麦品种间的抗病性有明显差异。
1、冬前发病期（秋播至越冬前）。三叶期前后始见病斑，后有扩展，但病株率低，严重度低。2、越冬静止期。越冬期病菌停止生长，病害停止扩展，病情稳定。3、早春发病期（返青至拔节）。小麦返青后病害在株间水平扩展，病株率增加，至拔节期，严重田块病株率达。4、发病高峰期（拔节至抽穗）。小麦拔节后病斑向上扩展，严重度增加，造成实性危害，严重田块出现枯孕穗。5、停止发展期（抽穗后）茎秆变硬，阻止病菌扩展，病情稳定。发病重田遇风雨易倒伏。小麦生长中后期病部产生菌核。
小麦纹枯病是由半知菌亚门丝核菌真菌侵染引起，病菌以菌核承受病残体在土中越夏、越冬。小麦播种后开始侵染，一般于小麦拔节后开始明显发病，并不断侵染和侵染。一般春季温暖潮湿有利于发病。
