为减轻纳税人负担，《财政部、税务总局、海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告第39号）规定，自4月1日起，对增值税一般纳税人购进国内旅客运输服务纳入增值税抵扣范围。增值税一般纳税人购进旅客运输服务的进项税抵扣应当注意以下九种情形是不能从销项税额中抵扣：
一、一般纳税人购进国际旅客运输服务不得抵扣。根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔〕36号）附件4《跨境应税行为适用增值税零税率和免税政策的规定》规定，国际运输服务适用增值税零税率。国际运输服务，是指1.在境内载运旅客或者货物出境；2.在境外载旅客或者货物入境；3.在境外载运旅客或者货物。同时规定：以无运输工具承运方式提供的国际运输服务免征增值税；按照国家有关规定应取得相关资质的国际运输服务项目，纳税人取得相关资质的，适用增值税零税率政策，未取得的，适用增值税免税政策。因为纳税人提供国际旅客运输服务，适用增值税零税率或免税政策，因此，增值税一般纳税人购买国际旅客运输服务不能抵扣进项税额。例如：旅客到法国、韩国等国外出差等。
二、一般纳税人取得国内旅客运输服务的除了增值税电子发票外，只有注明旅客身份信息的客票才能抵扣进项。增值税一般纳税人购进国内旅客运输服务，可以作为进项税额抵扣的凭证有：增值税专用发票、增值税电子普通发票，注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票以及公路、水路等其他客票。一般纳税人取得未注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票、公路、水路等其他客票不能抵扣进项税额。例如：公交车定额手撕发票和出租车卷票，由于公交车定额手撕发票和出租车票没有旅客个人信息，因此不能抵扣进项税额。又比如对于乘客因越站乘车等情形的补票行为取得的补票凭证，对于铁路公司来说，取得的属于价外费用，应按照提供“旅客运输服务”缴纳增值税。但由于凭证上并未记载乘客信息，因此，也不能抵扣进项。
三、一般纳税人取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单中只允许抵扣两项内容，分别是票价和燃油附加费，除此之外的项目是不得参与计算进项税额抵扣。航空运输的电子客票行程单上的价款是分项列示的，包括票价、燃油附加费和民航发展基金。因民航发展基金属于政府性基金，不计入航空企业的销售收入。因此计算抵扣的基础是票价加燃油附加费。
四、一般纳税人取得不符合规定的增值税专用发票和增值税电子普通发票。例如：名称错了或未填开纳税人识别号等。一般纳税人购进国内旅客运输服务，以取得的增值税电子普通发票上注明的税额为进项税额的，增值税电子普通发票上注明的购买方“名称”、“纳税人识别号”等信息，应当与实际抵扣税款的纳税人一致，否则不能抵扣增值税。除增值税专用发票和电子普通发票外，其他的旅客运输扣税凭证，都必须是注明旅客身份信息的票证才可以计算抵扣进项税，纳税人手写无效。
五、一般纳税人取得的“非旅客运输服务”的增值税电子普通发票不得按规定抵扣进项税额。增值税一般纳税人购买旅客运输服务所取得的增值税电子普通发票允许抵扣的前提一定是发生了国内旅客运输服务，例如：取得携程网开具的“旅游服务-商务旅行服务费（机票或火车票）”或者是其他公司开具的“经纪代理服务-代订国内机票或火车票等”的发票。
六、一般纳税人支付除签订劳动合同的员工及劳务派遣员工外国内旅客运输费用，不能抵扣进项税额。“国内旅客运输服务”，限于与本单位签订了劳动合同的员工，以及本单位作为用工单位接受的劳务派遣员工发生的国内旅客运输服务。除此以外，比如客户、邀请讲课专家等存在业务合作关系的人员，由一般纳税人承担旅客运输服务费用，虽然取得了合法抵扣凭据，但进项税额不得从销项税额中抵扣。
七、增值税一般纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。但如果用于简易计税、免税项目、集体福利或者个人消费以及非正常损失对应的国内旅客运输服务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
八、新政策将从4月1日正式施行，因此在4月1日后购进旅客服务方才能抵扣，以扣除凭证的开具时间为准，开具时间为4月1日后的才能抵扣。例如：某单位员工3月28日乘高铁出差至山东，4月2日返程，取得了注明该员工身份信息、乘车日期分别为3月28日和4月2日的两张高铁车票，按规定4月2日高铁车票，可计算抵扣进项税额，3月28日的高铁车票则不能计算抵扣。一般纳税人允许抵扣的国内旅客运输服务进项税额，是指纳税人4月1日及以后实际发生，并取得合法有效增值税扣税凭证注明的或依据其计算的增值税税额。以增值税专用发票或增值税电子普通发票为增值税扣税凭证的，为4月1日及以后开具的增值税专用发票或增值税电子普通发票。
九、一般纳税人发生的类似机票改签费取得符合规定的增值税扣税凭证可以抵扣，但发生的退票费均不得抵扣（除符合规定的专票外）。根据《财政部、国家税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔〕90号）第二条规定，纳税人为客户办理退票而向客户收取的退票费、手续费等收入，按照“其他现代服务”缴纳增值税。因为适用的税目并不是运输服务，因此发生的退票费均不得抵扣。
