南京六朝博物馆是中国展示六朝文物最全面的遗址博物馆，也是反映六朝文化最系统的专题博物馆。展出青瓷器、陶俑、墓志、建筑构件、石刻、书画等大量珍贵文物以及六朝建康城城墙和大型排水设施遗迹，并介绍六朝名人故事，分四个篇章阐述公元3至6世纪的东方大都会主题，设有“六朝帝都”、“回望六朝”、“六朝风采”、“六朝人杰”四大展厅。
六朝博物馆馆址是原六朝建康城的一部分，建设工程总投资2.5亿元，建筑面积为2.3万多平方米。其中，地下建筑面积为1.1万多平方米，地上建筑面积为1.2万平方米。六朝博物馆由世界著名建筑大师贝聿铭之子——贝建中先生领衔的贝氏资深设计团队担纲设计，体系化地将贝氏建筑模数、贝式建筑几何、贝氏建筑光影运用于此，于8月11日正式对外开放。
从公元3世纪初到6世纪末，东吴、东晋、宋、齐、梁、陈六个朝代合称“六朝”。六朝时期建都南京，南京因此习称“六朝古都”，而当时六朝时期的南京城也是世界上第一个人口超过百万的城市，和古罗马城并称为“世界古典文明两大中心”。
负一层的六朝帝都展览分为城市篇和生活篇两个部分：城市篇主要展现六朝建康城的建筑规模、宫殿、城市道路和排水系统等；生活篇则使用了大量文物，还原六朝时期人们的衣食住行。
博物馆负一层，有一段长25米、宽10米的六朝夯土墙遗址，这是整个博物馆的根，，考古工作者对博物馆所在地块进行发掘时，在地下2米深处发现了这处夯土墙，经考证为1700年前六朝建康宫城的建筑遗址，正是因为这处千年遗址的出土，才有了今天的六朝博物馆。
南京邓府巷挖出的台城城壕排水道也被搬进了展厅。排水设施遗址原位于邓府巷东侧，顶部塌毁，两侧及底部保存完整，君款2米，造分为三段，东段和中断沟壁多用木板、木桩加固护岸，沟底铺木板。展示的这段，两侧壁用大砖砌筑，沟底用长方形木板呈阶梯状铺垫。
生活类文物有当时流行的“复古拖鞋”——六朝木屐。
六朝时期的人面、兽面纹瓦当。
墙基外侧夯土城墙包转，外有城壕护卫。
