明朝建立之初，刚从战乱阴云中走除的明王朝，面对着北方残元势力强大的军事威胁。于是，明王朝大规模修筑了沿边长城，在长城一线屯驻了百万大军，并逐渐形成九边十三镇的特殊防务格局。
九边重镇最初是沿着万里长城规划的，东起鸭绿江，西至嘉峪关，分别是
辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇（也称太原镇）、山西镇、榆林镇（也称延绥镇）、宁夏镇、固原镇、甘肃镇。
此时为九边九镇
。
明英宗朱祁镇，放弃稳守九边九镇的战略，反而御驾亲征，以己之短攻敌之所长。土木堡之变，明朝二十万大军伤亡过半，朱祁镇被掳。后来瓦剌进逼北京，北京的预备军依托九边九镇的防御体系，于谦剩下的残兵硬是顶住了这次危机。到了明世宗朱厚熜时期，为了加强北京的防护，增设昌平镇和真保镇。这个时候，九边九镇就改名为九边十一镇，这是保留时间最长的监制，后世通常以九边十一镇称呼明朝的边镇。
明神宗万历年间，明朝西北和东北都遇到强敌，于是在固原镇分出临洮镇，从蓟州镇分出
山海镇，称为九边十三镇
。
1、属蓟辽总督关内
辽东镇
辽东镇，总兵初驻桃林口，后移迁安寺子峪（也称狮子峪），天顺年又移三屯营（今河北迁西县境内）。管辖东起丹东市西至山海关的长城，全长约970多公里。
蓟州镇
蓟州镇，总兵驻河北迁西县，管辖东起山海关西至北京怀柔区的长城，全长约880多公里。
昌平镇
嘉靖年间明世宗朱厚熜时期，昌平镇建立。总兵驻昌平（今北京昌平区），明朝从原蓟州镇防区划出的渤海所、黄花镇、居庸关、白羊口、长峪城、横岭口、镇边城诸城堡长城线，其东北起于慕田峪关东界，西至紫荆关，全长230公里。
山海镇
明神宗万历年间，山海镇建立。划出蓟州镇东协山海、石门、燕河、建昌四路作为山海镇的防区。山海镇长城东起今老龙头，西至今河北省迁安县，全长约195公里。
真保镇
真保镇，总兵驻保定，管辖的长城北起紫荆关，经倒马关、龙泉关、娘子关、南至故关，全长390公里。
2、宣大总督管内
宣府镇
宣府镇，总兵驻河北张家口市宣化县，管辖东起北京怀柔区西至河北怀安县的长城，全长约510多公里。
大同镇
大同镇，总兵驻山西大同市，管辖东起山西天镇县西至内蒙古清水河县的长城，全长330多公里。
山西镇
也称太原镇，总兵初驻今山西偏关县，后移驻今山西宁武县。管辖的长城西起今山西河曲县旧县城的黄河岸边，经偏关、老营堡、宁武关、雁门关、平型关，东至太行山岭之真保镇长城，全长800多公里。因该镇在大同、宣府两镇长城的内侧（南边），故又称为内长城，而
偏头、宁武、雁门三关也就合称为内长城的“外三关”，在东边的蓟州镇与真保镇的
居庸、紫荆、倒马三关就为“内三关”。山西镇长城城墙多为沉重大石。
3、陕西三边总督管内
榆林镇
也称延绥镇，总兵初驻今陕西绥德县，成化以后移今陕西榆林市。管辖长城东起今陕西府谷县黄甫乡，西至今宁夏盐池县，全长880多公里。
宁夏镇
宁夏镇，总兵驻宁夏银川市，管辖东起宁夏盐池县西至宁夏中卫市的长城，全长约1000公里。
固原镇
固原镇，总兵驻宁今宁夏银川市。管辖长城东起花马池，西至今宁夏中卫市西南，全长约1000公里。
临洮镇
万历年间，临洮镇在临洮府城建立，临洮镇长城东起兰州榆中县东北黄河南岸的青城村，终点是甘肃省卓尼县玉石村，全长670余公里。
甘肃镇
甘肃镇，总兵驻甘肃张掖市，管辖东南起兰州西北至嘉峪关的长城，全长约800公里。
九边十三镇，是大明帝国一道万里防火墙。不过人算不如天算，帝都北京被攻破，不是来自北方的势力，而是来自南方各地的农民起义军。
