大蒜菌核病主要以菌核遗留在土壤中或混在蒜种和病残体上越夏或越冬。混杂在大蒜种和病残体上的菌核则随着播种、施肥落入土中。播种早的年份，少数菌核秋季就能萌发，使幼苗发病。一般在春季2月下旬以后，土壤中的菌核陆续产生子囊盘，子囊孢子成熟后从子囊中射出，侵入假茎基部形成菌丝体。在其代谢过程中产生果胶酶，溶解寄主细胞的中胶层，使病茎腐烂，以后菌丝体从病部向周边扩展蔓延，最后在病组织上形成菌核，随收获落入土中或留在蒜头上成为第二年的侵染源。
主要与4～5月气候有关，该期多雨、寡光照，气温在20～25℃时，发病严重，甚至成灾；土质粘重，田间低洼，或在林际、林下的田块，发病重；连作、积水、密度大或偏施氮肥田块发生重；地膜覆盖较完整的则发病轻。
