故事取材于我国著名的神话传说《白蛇传》。《水漫金山》取材于我国四大神话传说之一的《白蛇传》，讲述了白素贞与许仙的爱情故事，这次以青蛇为主角，以青蛇的成长为主线，又演绎了一个不一样的白蛇传说，给人不一样的惊喜。该片设定了一个危害人间的反面角色--蛙面水蛇，使故事情节充满了爱与恨，正义与邪恶的矛盾冲突,以更加适应青少年观众的收看习惯。另一看点是把小青作为主要故事人物，描述了她从不懂爱到逐渐懂得了什么是爱;从莽撞冲动到机智勇敢的成长过程，编创出一个具有现实教育意义的动画作品
第11集 ：被鼓声操控的石人围攻青白二人。小青想起五鬼说到的魔鼓的法力，和白素贞联手将魔鼓击漏，石人都不再听从蛙面水蛇的差遣了。白素贞和小青连忙往水面上运送百姓。狡猾的蛙面水蛇又把自己变成石人模样，躲在人群里偷袭二人，终于被小青识破。蛙面水蛇逃入万镜森林，小青不听白蛇劝阻，一路追击。 白蛇追小青救百姓分身乏术，只好先救百姓。在五鬼的帮助下，白蛇抓住了螃蟹精和甲鱼精，让他们将父老乡亲们带出水面。小青追击蛙面水蛇进入了万镜迷宫，发现迷宫里到处都是镜子。这些镜子都是巨大的水墙做成的。它们不仅是流动的，还能随意改变墙壁和道路的走向。小青在迷宫里完全迷失了方向。进退之间，四面八方都是自己的影子，看得头晕眼花。法海来到水底，见到正在抢救百姓的白素贞。虽然不喜欢这白蛇，但看她做好事的份上，也助了白蛇一臂之力。万镜森林里蛙面水蛇利用水镜先后折射出五鬼和白娘子的样子，骗小青以为是五鬼和白娘子来帮忙，结果却从镜子后面偷袭小青。小青饱受真假难辨的困扰，被蛙面水蛇偷袭多次得手，危在旦夕。
第12集 ：小青和白素贞来到了箭桥双花坊，二人各显神通将一个破庙装扮成了总兵千金居住的“白府”。小青心里多多少少有些要显自己的本事，在布置时，小小的和白素贞斗了斗法。当然，姐妹间的斗法是愉快而又充满趣味的。白素贞在院中将一株小草点化成菩提树，小青就将一块石头幻化成假山。最终，还是白素贞略胜一筹，因为此时的白素贞似乎已经比小青更懂得人间的美好和快乐。 然而二人布置来布置去，这白府怎么看怎么像山洞而不像人家。在有着更多人间生活经验的五鬼的指点下，二人终于布置出了一个“寻常人家”。看着轻纱暖帐，桌椅条陈，小青和白蛇新奇又兴奋。白素贞对镜梳妆起来，看到笛子，不由得拿在手里把玩，满心欢喜的等待着许仙的到来。小青见白素贞如此期待许仙，十分不能理解。只是关心白素贞什么时候能开始帮她寻找人间的力量。许仙在家里急得团团转，因为姐姐姐夫让他在家里老老实实的读医书。 他好不容易躲过姐姐姐夫的监视从家里偷跑出来，半路却撞见了一个和尚。这和尚告诉许仙他要去找的白素贞是蛇妖所变，人妖殊途，不可亲近，否则必遭不测。春心萌动的许仙哪里肯信这些莫名其妙的话，一心前往白府会素贞。法海却纠缠不休，想尽办法阻挠许仙前往。许仙躲过了法海的打坐、站桩以及障眼等多次阻挠终于来到了白府。好不容易以为自己甩开了这个唠叨的和尚，兴高采烈的敲门时，背后却中了法海一掌。原来，法海见许仙不听劝阻，情急之下，只好把忘字诀打进他体内，让他忘却白素贞。许仙在白府门前一片迷茫，忘却了自己为何来此。青、白出门迎接许仙，却被许仙反问此间何处，她们又是何人。白蛇第一次有了心痛的感觉，忽的眼眶一酸，流下泪来。不知愁的小青却不知眼泪为何物。
第13集 ：小青和白素贞来到了箭桥双花坊，二人各显神通将一个破庙装扮成了总兵千金居住的“白府”。小青心里多多少少有些要显自己的本事，在布置时，小小的和白素贞斗了斗法。当然，姐妹间的斗法是愉快而又充满趣味的。白素贞在院中将一株小草点化成菩提树，小青就将一块石头幻化成假山。最终，还是白素贞略胜一筹，因为此时的白素贞似乎已经比小青更懂得人间的美好和快乐。 然而二人布置来布置去，这白府怎么看怎么像山洞而不像人家。在有着更多人间生活经验的五鬼的指点下，二人终于布置出了一个“寻常人家”。看着轻纱暖帐，桌椅条陈，小青和白蛇新奇又兴奋。白素贞对镜梳妆起来，看到笛子，不由得拿在手里把玩，满心欢喜的等待着许仙的到来。小青见白素贞如此期待许仙，十分不能理解。只是关心白素贞什么时候能开始帮她寻找人间的力量。许仙在家里急得团团转，因为姐姐姐夫让他在家里老老实实的读医书。 他好不容易躲过姐姐姐夫的监视从家里偷跑出来，半路却撞见了一个和尚。这和尚告诉许仙他要去找的白素贞是蛇妖所变，人妖殊途，不可亲近，否则必遭不测。春心萌动的许仙哪里肯信这些莫名其妙的话，一心前往白府会素贞。法海却纠缠不休，想尽办法阻挠许仙前往。许仙躲过了法海的打坐、站桩以及障眼等多次阻挠终于来到了白府。好不容易以为自己甩开了这个唠叨的和尚，兴高采烈的敲门时，背后却中了法海一掌。原来，法海见许仙不听劝阻，情急之下，只好把忘字诀打进他体内，让他忘却白素贞。许仙在白府门前一片迷茫，忘却了自己为何来此。青、白出门迎接许仙，却被许仙反问此间何处，她们又是何人。白蛇第一次有了心痛的感觉，忽的眼眶一酸，流下泪来。不知愁的小青却不知眼泪为何物。
第14集 ：忘字诀的威力果然巨大，许仙将伞还给了小青。但一点都想不起白素贞这个人。无论白素贞用什么方法提醒，他都无动于衷。更让白素贞黯然神伤的是，许仙只是忘记她一个人，即便是两人重新结识相处，许仙突然间就会全部忘光。小青对此气恼异常，劝白素贞不要再浪费时间在许仙身上，白素贞却不愿就这样离开。 许娇容得了一种怪病，每天晚上都会噩梦连连。由于无法好好休息，身体日渐虚弱。请了几位大夫都不见好，陈彪为此十分着急。许仙决定自己为姐姐治病，整日钻研医书寻找药方，更是将白素贞、小青忘在了脑后。 白素贞发现许娇容的病其实是因为上次蛙面施法的余毒没有去除干净造成的。五鬼突然想到自己在“医仙庙”的时候曾经见到过一本“天医书”，收录记载了古往今来成仙修道的秘法和怪力乱神的妖法的破解。五鬼觉得这本书没准能找到破解之法，便前往医仙庙去求书。 五鬼刚要拿书，却被看守天医书的竹简精拦住。原来这天医书是写在五根竹子制成的竹简上的，偏偏多出一片竹简没东西可写，因此这根“多余”的竹简就成了精。五鬼帮助竹简精完成了他的物有所用的夙愿，终于求得天医书。但这天医书不是凡间之物，没有非凡的功力便无法阅读。白蛇耗费了自己的功力开启了天医书，查找到祛除妖毒的方法，抄录下来。五鬼偷偷地将药方混在了许仙的药书里，小青略施法术刮来一阵风，正好吹开了解救许娇容的那页方子。许仙按照天医书的方法治好了许娇容。许仙的一片孝心也点亮了小青身上的镇魔宝珠，小青非常惊喜。
第15集 ：通过一番苦读，许仙的医术越来越厉害，药铺老板也不再拿他当个小学徒来看。治好了许娇容这件事，更是让当捕快的姐夫陈彪很是以自己的小舅子为傲，逢人就要夸奖一番。县太爷的小公子得了不吃饭的怪病，请了数位医生都看不好。保和堂的掌柜派自己的大徒弟去给小公子治病，而陈彪则举荐了许仙。 大徒弟认为小公子患的是儿童常见的脾胃失调，只要多吃些健脾开胃的药便可。几味药下去，小公子的厌食症却没有好转。许仙认为小公子的病另有隐情，劝说大徒弟换个方法治疗，大徒弟仗着自己师兄的地位，哪肯听才学了几天医术的许仙谏言，只一味地加重药量，还向师傅和县太爷告状，说许仙干扰自己下方，心怀不轨。 许仙一怒之下想拂袖而去，可是看到瘦弱不堪的小公子和他目光中的忧郁，许仙还是无法放弃这个小病人。许仙请小青暗中帮他调查。小青发现原来小公子在学堂里和同窗一起偷吃厨房的东西，小公子侥幸逃脱，但先生却抓住了他同窗，那位同窗的父亲是县太爷手下的衙役，自然不敢供出小公子，只好自己一个人承担下来。先生责罚他打扫课室一个月，并且在此期间所有的学生都不得与他交谈，让他反省自己的过错。看到一个人承担羞辱和责罚的同窗，小公子内心受到极大的煎熬，所以用不吃饭的方法来向同窗表示歉意。
