明朝时，蒙古分裂为三大部落，一部为漠南蒙古；一部为漠北喀尔喀蒙古；一部为漠西蒙古，也叫厄鲁特蒙古。皇太极时，漠南蒙古已归顺清朝，喀尔喀蒙古也上贡称臣，厄鲁特部远在漠西，只是形式上服从而已。
厄鲁特蒙古又分四部，绰罗斯即准噶尔部，活动范围于巴尔喀什湖以东，天山以北，伊犁河流域；和硕特部游牧于乌鲁木齐地区；杜尔伯特部游牧于喀尔齐斯河流域；土尔扈特部游牧于塔尔巴哈台地区。其中以准噶尔部最强。
1670年，准噶尔部内讧，首领僧格被杀。这时还在西藏当喇嘛的噶尔丹闻讯后，立刻赶回，声称奉打来喇嘛的命令，为兄弟僧格报仇。他驱逐车臣“太吉”，杀掉僧格之子，囚禁叔父，攻杀老丈人，以激烈手段夺取准噶尔部领导权。
1677年，噶尔丹攻占已移居青海的和硕特部，咔嚓该部首领（他的岳祖父），自封博硕克图汗，并要求厄鲁特其他部落听他号令。同年，噶尔丹与喀尔喀蒙古兵车相会，形势紧张。此时大清忙于“平三藩”，无力顾及西部。
康熙权衡大局，决定：调停两部纷争，不使战事扩大，稳住北疆。为此，对噶尔丹的无理请求，也适当妥协。
1679年，噶尔丹称雄于西北，请求打来喇嘛赐其博硕克图汗封号。然后，他又以博硕克图汗的称号向清朝进贡，康熙承认其汗号。噶尔丹既然得到册封，就暂停在青海的军事行动，转而征服南疆回部。
到了1684年，噶尔丹“攻破四子千余城”，其活动范围，北至鄂木河，沿着喀尔齐斯河到阿尔泰山；西至巴尔喀什湖以南，东至鄂毕河地区，并控制天山南路，盘踞西北，无人与之敌。
与此同时，噶尔丹与沙俄也勾结到一起。他既利用西藏的支持以号令蒙古诸部，也利用沙俄的力量实现其野心。
此前，沙俄正在偷偷入侵蒙古，但遭到喀尔喀蒙古的抵抗。因此，沙俄为了坐收渔利，一直暗地里支持噶尔丹，为其提供枪炮器械，使其更嚣张。
随着实力的增强，噶尔丹野心也不断膨胀。1687年，噶尔丹在沙俄的支持下，领兵三万，向东打击喀尔喀蒙古。
这时喀尔喀蒙古的土谢图汗，正在楚库柏兴与沙俄作战，后方守备空虚。闻讯后，土谢图汗立刻回师反击噶尔丹，却遭遇了滑铁卢。于是，他与胞弟会合，率领属下内迁，请求康熙保护。
康熙派理藩院尚书前往迎接，在漠南妥善安置了土谢图汗。
噶尔丹多次向康熙索要土谢图汗，均遭到拒绝。于是，他以追击喀尔喀仇人的名义，率兵两万南下，进入科尔沁境内，大肆烧杀抢掠，并乘机向内地深入。
清军抵挡不住，噶尔丹继续向东推进，距京城仅400多公里。京城人心惶惶，物价上扬。康熙异常淡定，命令八旗戒严并要求朝廷文武官员利用噶尔丹轻敌的心理，部署兵力，准备出击。
面对来势汹汹的噶尔丹，朝廷形成不同意见。有人提出听之任之，等他进犯京城再说。大将军费扬古坚决主张出兵，他的理由是：
“噶尔丹狼子野心，既入犯，其志不在小，讲和恐难如所欲，唯有痛剿方为上策。”
康熙说：
“费扬古之见与朕不谋而合，朕决意亲征。”
当时康熙出兵噶尔丹，还有一个现实问题：噶尔丹侵占喀尔喀蒙古，土谢图汗暂时寄居漠南，如果长时间不收复故土，又如何生存？留下的副作用迟早又会成为问题。
为了让朝廷长治久安，康熙下令亲征，组建两路大军：一路由裕亲王福全统领、大阿哥为副将，为左翼出古北口；一路由恭亲王常宁率领，为右翼出喜峰口。两路大军由康熙统筹全局，佟国纲、佟国维及索额图、明珠等参赞军务。
