最近在帮助国内一个硕士生计算米氏方程中的Km和Vmax。Sigmaplot提供了一种简便快捷的拟合求解方法,索性在这里分享给大家。
(一)简单介绍一下米氏方程。
米氏方程(Michaelis-Menten equation)是反映酶促反应的速度与底物浓度的关系的方程。表示如下:
其中:
v是不同底物浓度下的酶促反应速率;
Vmax是最大反应速率;
[S]是底物浓度;
Km是米氏常数,物理意义是酶促反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度。它只与酶的性质有关,反映底物与酶结合的能力。Km越小表明酶促反应达到最大反应速率一半时所需的底物浓度越低,因此底物与酶亲和力越强。
(二)那么测定了不同浓度下的反应速率后,如何求得Km和Vmax呢?此时,Sigmaplot (所用版本为12.5)要登场啦。
1. 打开Sigmaplot,将数据输入其中:第一列为底物浓度,第二列为重复的平均速率,第三列为标准差。
2. 绘制带有误差棒的散点图
a. CreateGraph——Scatter——Simple Scatter-Error Bars
b. 选好所需散点图类型后,出现如下对话框——点击“下一步”。
c. 选择XY pair(因为我们的数据是XY成对出现的)——“下一步”
d. 数据选入对应位置——点击“完成”。
e.散点图如下
3. 拟合曲线,求解Vmax和Km。
a. 右击图中的点——选择“Curve fit...”
b. 选择如下方程(与米氏方程形式相同)。
c. 连续点击“Next”,出现如下结果,其中a为Vmax,b为Km。
d. 可以继续点击“Next”,获取report。
e. 点击“Finish”即可。
看起来复杂的求解过程,借助Sigmaplot就这样简单的解决啦。