在确定土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法时，是均等分配还是差别待遇，是属于村民自治范畴内的事项吗？司法是否有权对此进行干涉呢？
对此问题，最高人民法院的意见是：最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第1条第3款规定，集体经济组织成员就用于分配的土地补偿费数额提起诉讼的，人民法院不予受理。该条规定是针对土地补偿费发放到农村集体经济组织后，该集体经济组织按照民主议定原则，确定拟在集体成员范围内进行分配的数额后，农村集体经济组织成员针对该数额提出异议的情形。比如，集体土地被征收后，集体经济组织获得土地补偿费200万元，经民主议定，该集体经济组织决定将其中的150万元用于分配，余留50万元用于村集体公益事业。如果特定农村集体经济组织成员认为，应当把全部的200万元都用于分配并提起诉讼，人民法院应当按照前述规定不予受理。
上述司法解释作出这样规定的理由是：村集体经济组织的决定是该集体经济组织综合考虑本组织的实际情况，经由民主议定而确立的，属于村民自治的事项，并没有超出村民自治的合理界限。对此，司法权无须也无权进行评价乃至审查，否则即属于对村民自治的过度干预。
在纠纷的性质上，这种纠纷与因土地补偿费分配方案实行差别待遇侵害特定人群合法权益而引发的纠纷完全不同。土地补偿费是对经由征收消灭的集体土地所有权的补偿，而集体土地所有权的权利主体是农民集体，据此，土地补偿费的受益主体也只能是农民集体。只要具有该集体经济组织的成员资格，就应具有相应的分配权。
集体土地所有权的替代物价值（土地补偿费的数额）大小与农村集体经济组织成员的劳动没有关系，也并非集体经济组织的经营收益，按照成员权理论，就土地补偿费分配而言，每个集体经济组织成员的分配权应当是均等的。因此，对特定人群实现差别待遇没有法律和法理依据。
虽然土地补偿费分配方案经民主议定，但对权利受到侵害的特定人群来说，显然构成“多数人暴政”。
最高人民法院认为：村民自治决议并不是绝对地不容任何司法审查和评价，其效力受法律保护的前提是，该决议不违反法律规定。如果该决议侵害了集体经济组织成员的合法权益，受侵害人当然有权提起民事诉讼寻求司法救济。《物权法》第63条第2款明确规定，集体经济组织、村民委员会或者其负责人作出的决议侵害集体成员合法权益的，受侵害的集体成员可以请求人民法院予以撤销。
根据《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第1条第3款规定不受理因土地补偿费分配方案侵害集体经济组织成员合法权益引发的纠纷，是对司法解释规定的误读。该类纠纷属于《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第1条第1款第4项规定的“承包地征收补偿费用分配纠纷”，人民法院应当受理。对其如何处理，上述司法解释第24条作出了相应的规定。
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