估计案情是这样的：双方签了投资协议或合伙协议一类似乎是投资的文件，但是，公司并没有把投资者登记为公司的股东，因为双方的真实意思也并不是法律意义上的股东出资。而且还可能，公司支付过利息，或者约定了投资的固定收益。
如果是上述情况，法院判决属于民间借贷是对的。最高人民法院早有规定，对于合同纠纷案件，要根据法院查明的真实法律关系确定双方当事人的权利义务，也可以说，法院要根据查明的双方之间的真实权利义务，来确定双方之间的法律关系。
民间借贷和股东出资在法律上的区别：
1、民间借贷约定固定的利息或收益，股东投资不会做此约定。
2、股东投资，需要将股东登记到公司章程中，并在工商登记部门做登记，民间借贷则不会做这项工作。
3、股东依据法律和公司章程享有股东权利，比如参加每年定期的股东会议，通过公司财务报表了解公司经营情况，参与公司分红。民间借贷的出借方不会享有这些权利。
4、民间借贷的出借方无需对公司的亏损承担责任，也就是无论公司是否亏损，公司都要根据约定还钱，而股东则要以其投资额对公司债务承担责任。
