北京航空航天大学和南开大学虽然都是985工程，世界一流大学建设高校，但是两所学校差别其实挺大。南开大学创办于解放前，而北京航空航天大学则创建于1952年，从建校史上来讲，肯定是南开大学更为古老，更有底蕴。但是相对来讲，北京航空航天大学因其教研领域的独特性，其受重视更多一些。
北京航空航天大学，1952年建校之初，合并的是当时几所名校的航空系组建而成，也就是说北航是以航空起家的高校。航空就是指大气层以内的飞行，而航天则是大气层以外的飞行，最初北航在航天领域实力较差，所以他最初叫北京航空学院。在国家科技三大奖方面，北航几乎年年都榜上有名，而且北航有40多项国内第一的科研成果，并且在航空动力、材料、核心器件方面都处于领先地位，这方面绝对不是一朝一夕的结果，需要几代人共同努力才能获得。从这些方面，也可以看出北航的优势所在。
南开大学在数、理、化、生方面实力较强，经济学实力也特别突出，不过这些方面，投入都不大，而特别前沿的项目投入非常大，不过很难轮到南开大学拿到，毕竟竞争力相对不足。南开大学主要在有机化学、农药化学、药物化学、材料化学等方面实力较强，不过这些相对一所“巨无霸”大学来讲，实在是太少了，因此其在国家科技三大奖方面始终处于劣势，毕竟他是一所文理出身的高校。南开大学经济学方面实力很强，这是他的老本行，1929年建校之初就已经开设了，老牌文理类高校理论经济学其实都非常强，这一点不服不行，国内前十，全部出自原来的文理类大学。
综合来看，北京航空航天大学综合实力胜过南开大学一些。这主要是因为北京航空航天大学越来越受重视，而教研领域越来越属于高、精、尖领域，相对来讲，无论是项目引进，还是资金投入，都远高于南开大学，而且成果显著，毕竟科技强国是全世界的共识，北航领先也属正常情况。
