病菌主要以菌核落入田间或在病稻草、杂草等寄主上越冬，第二年插秧后随灌水流动附着在幼苗近水面处，产生菌丝侵入植株，潜育期3～5天后发病。侵染最适宜温度为28～32℃、最宜湿度为96%以上。如果相对湿度在85%以下，则侵染受抑制。病菌对酸碱度的适应范围为pH4.5～6.7。
水稻纹枯病发生程度受菌源、气候、水稻抗病性和田间栽培管理几方面因素影响，在菌源充足，气候适宜时水稻纹枯病发生普遍，水稻不同生育期抗病能力不一致，种植制度和田间管理水平对纹枯病流行有一定影响，在水稻纹枯病流行高峰前进行药剂防治，是控制水稻纹枯病的关键时期。
植株生长过于繁茂，密度大，荫蔽潮湿的田间易发生。
