1、选用抗病丰产良种，具有茎秆坚硬、抗倒伏、花期短的抗性特点，对控制或减轻油菜菌核病的危害，能起到积极的作用。2、通过筛选、水选，以清除混杂在种子中的菌核，然后用10%的食盐水选种，清除漂浮的菌核后，再用清水冲洗，晾干后播种。3、适时喷药保护，控制菌核病的发生。用药时间为两个时间：一次是在11月下旬左右，第二次是在3月中下旬。药剂可选用速克灵、多菌灵、克菌清等对口农药在刚始花时喷治，隔7天再防治一次。或选用25%富力库或30%爱苗乳油3000倍液喷雾。
油菜菌核病危害特征主要是根发黑，致基部软腐后整株病倒死掉，多发于早冬或冬未春初两季，应于冬前用多菌灵和磷酸二氢钾混合液进行2—3次叶面喷雾，间隔期两周左右为宜。
整个生育期均可发病，结实期发生最重。茎、叶、花、角果均可受害，茎部受害最重。茎部染病初现浅褐色水渍状病斑，后发展为具轮纹状的长条斑，边缘褐色，湿度大时表生棉絮状白色菌丝，偶见黑色菌核，病茎内髓部烂成空腔，内生很多黑色鼠粪状菌核。病茎表皮开裂后，露出麻丝状纤维，茎易折断，致病部以上茎枝萎蔫枯死。叶片染病初呈不规则水浸状，后形成近圆形至不规则形病斑，病斑中央黄褐色，外围暗青色，周缘浅黄色，病斑上有时轮纹明显，湿度大时长出白色绵毛状菌丝，病叶易穿孔。花瓣染病初呈水浸状，渐变为苍白色，后腐烂。角果染病初现水渍状褐色病斑，后变灰白色，种子瘪瘦，无光泽。
