小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用咯菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种，生长过程合理施用氮肥、磷肥、钾肥，提高小麦抗病能力，进入拔节期后可适量使用苯甲·丙环唑乳油。
小麦受纹枯菌侵染后，在各生育阶段出现烂芽、病苗枯死、花秆烂茎、枯株白穗等症状。烂芽芽鞘褐变，后芽枯死腐烂，不能出土；病苗枯死发生在3—4叶期，初仅第一叶鞘上现中间灰色，四周褐色的病斑，后因抽不出新叶而致病苗枯死；花秆烂茎拔节后在基部叶鞘上形成中间灰色，边缘浅褐色的云纹状病斑，病斑融合后，茎基部呈云纹花秆状；枯株白穗病斑侵入茎壁后，形成中间灰褐色，四周褐色的近圆形或椭圆形眼斑，造成茎壁失水坏死，最后病株因养分、水分供不应求而枯死，形成枯株白穗。
