选用抗病品种。选择排水良好的壤土或沙壤土地块栽培，雨后及时排水。最好采用高畦栽培方法。注意不要伤根。与非茄科作物实行5~6年轮作。使用育苗母剂育苗，发病初期喷施91%克萎星可溶性粉剂600倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或菌线威1000倍液，定植时可穴灌萎菌净可湿性粉剂400倍剂，或14%络氨铜水剂300倍液灌根，每株灌药0.4~0.5升，隔5天灌1次，连灌2~3次。
合理轮作，辣椒苗床要进行消毒。辣椒种子可用50%多菌灵500倍液浸种，高垄种植。
辣椒枯萎病的预防方法：定期或不定期对植株淋施高锰酸钾溶液（600-1000倍液），或淋施2-3次（或更多次）铜氨液（600-800倍液），使用时要前密后疏，淋透淋足。
