黄河流域是中国文明的母亲河，而长江流域则是中国文明的另一个重要源头，长江是仅次于非洲尼罗河和南美洲河的世界第三长河，发源于青藏高原的唐古拉山脉，流经青海、西藏、云南、四川、重庆，出重庆与湖北间的三峡后才称长江，也就是长江中下游地区。黄河给北方地区带来中国第二大的华北平原，长江也给南方地区带来中国第三大平原——长江中下游平原。
长江
长江被称为“黄金水道”，无论是发展渔业、灌溉、航运，都有着黄河不能比拟的优势。同时长江形成了一道难以逾越的天险，所谓“长江天堑，古以为隔南北”，从三国的赤壁之战，到之后南北对立政权都倚仗长江天险。长江也是汉族政权继长城之后的最重要的防线，基本北方政权一过长江，南方政权就很快灭亡。
长江中游地区是稻作新石器文化的发源地，在湖南澧县彭头山遗址中出土了大量的稻谷及夹炭陶器，并发现有木骨泥墙的地面建筑，年代远早于仰韶文化的木骨泥墙建筑，可见木骨泥墙地面建筑有可能是从长江流域传入黄河流域。起源于湖南澧县华垱遗址的“挖沟——垒墙”聚落防护工程在彭头山文化时期也得到不断发展，在约公元前6500年，彭头山文化出现一座保存较为完整的土围聚落，即今湖南澧县的八十垱遗址。
八十垱遗址
该遗址三面有墙，外有宽 2—3.5 米、深近 2 米的壕沟环绕，围墙采用未加工的生土堆筑而成，所谓生土堆筑就是堆积在一起的土坡，土围从壕沟沟底距墙顶有3米多，底宽约 5 米，顶宽约2米。从沟、墙设施构造来看，这种矮墙除了用于防人和野兽外，更重要的作用是用来排涝防洪。从面积上看，八十遗址土城的墙内面积仅有约8000平方米，和一个足球场差不多大，远不及西亚耶利哥古城的4.8万平方米，所以一般不把八十作为中国古城的起点。
在彭头山文化之后，约公元前5000年，长江流域的湖南汤家岗遗址重现了与公元前 6500 年前彭头山八十遗址相同的“环壕土围”建筑，被称为汤家岗文化。汤家岗文化后期“环壕土围”进一步加大，典型代表为约公元前 4500 年湖南省常德市澧县城头山遗址，约公元前 4000 年城头山遗址进入大溪文化阶段，其土墙规模进一步加大，城内面积扩张到 5 万平方米，与世界上的第一座古城耶利哥面积相当，其年代则比黄河流域最早的西山古城（约公元前 3300—前2800年）还早了至少700 多年，城头山遗址也因此获得了中国第一古城的荣誉。
在以“城市，让生活更美好”为主题的上海世界博览会上，城头山遗址以“中国最早的城市”被制作成大型模型在上海世博会中国馆展出。不过严格来说，像耶利哥、城头山这类遗址只能算是“有城无市”的大型防御性聚落，与现代定义的“以非农业活动为主，承担一定地域范围内政治、经济、文化中心职能的地理实体”的城市仍有较大区别。
城头山古城复原模型
到约公元前3300—前2600年的屈家岭文化时期，城头山古城占地面积达 15 万多平方米，城内面积扩大到8.8万平方米，城墙也由生土墙改为夯土墙，城外有35米宽的护城河，城内有用烧好的土铺成长约 30 米的道路遗址。在城头山所在的长江流域中游地区出现了8 座互相连接的古城，相比之下黄河流域在同时期只发现1座面积仅3.4 万平方米的西山古城。
与黄河流域的土城遗址相比，上古新石器时代长江流域的城墙大都内陡外缓，高度较低，却极为宽厚，如典型的城头山城墙底宽达 20—30 米，高度却只有 2—5米，和后来中国古城墙的宽高比率完全不同。这种内陡外缓的宽矮墙最主要的用途首先是防洪，御敌的作用倒是次要的。而且其城墙内侧和外侧都有巨大的环壕，可见环壕的首要作用也不是防御，而是作为连接城内外的人工水道。对比早期只能步行的陆运，水运无论载重还是速度都是最理想的交通方式，可以用船来运输物资供养城镇内的居住。正是水运的便利，让长江流域出现最早的古城与城镇群，许多学者认为同时期的长江流域城址规模之所以要比黄河流域大得多，其中一个重要原因是长江流域的水运远比黄河流域便利，不过在以后的发展中，是黄河流域的土城取代的长江流域的水城成为中国古代城墙的主要类型。
城头山城墙遗址
长江流域便利的水运交通条件，也使起源于长江中游的稻作新石器文化迅速扩张到长江下游地区，在浙江萧山就发现了约公元前6000年的跨湖桥遗址。该遗址中除发现有稻作和制陶外，还出土我国了最早的生漆制品——涂有生漆的漆弓，以及约7500年前中国最早的独木舟[1]，号称“中华第一舟”。
到约公元前5000年，长江下游的杭州萧山跨湖桥文化被南方宁波余姚河姆渡文化替代，河姆渡文化居民 Y 染色体DNA是O1，和台湾高山族等南岛语系民族相同，被认为是百越民族的前身。在河姆渡之前的长江流域稻作农业遗址中未发现任何农具，缺乏在水稻种植中使用工具的证据，这说明当时的农业生产方式可能属生荒火耕类型。而在河姆渡遗址发现了中国最早的农具——耒耜，耒耜形如木叉，上有曲柄，下面是犁头，这也是古代传说中最先出现的农具，《礼·含文嘉》说，神农“始作耒耜，教民耕种”。
纺织业方面，河姆渡遗址中出土了陶纺轮、石纺轮、管状骨针、打纬木刀和骨刀、绕线棒等纺织工具，被认为可能是世界上最早的原始织布机组件。河姆渡常见的纺织作物是野生葛编织的葛布，葛布质地细薄清凉，古代多用作夏衣。在河姆渡遗址中还出土有苎麻纺织品，与西亚使用亚麻布，南亚使用黄麻布不同，中国直到宋代才开始生产亚麻布和黄麻布，之前使用的最主要的大宗衣料为苎麻布与汉麻布[2]，从宋到明才逐渐为棉布所替代。
干栏式建筑是河姆渡文化的主要建筑形式，所谓干栏式建筑是指将屋舍建在高出地面、以木或竹支撑的柱架之上，主要目的是为了躲避地上虫兽的侵害和地底的潮湿，如中国西南地区苗族、壮族、布依族等少数民族的传统民居住宅就属于半干栏式建筑，俗称吊脚楼。在河姆渡遗址出土的许多干栏式建筑木构件上凿卯带榫，这是中国最早的榫卯结构，奠定了我国以后木建构建筑的基本形式，以后榫卯结构成为中国古代建筑和家具及其他木制器械的主要结构方式，直到近代才被更廉价方便的钉子结构取代。
河姆渡文化的干栏式建筑
在河姆渡文化之后，约公元前3600—前3350年，在长江下游巢湖流域兴起了安徽含山凌家滩聚落。在凌家滩遗址发现有面积近 3000 平方米的红陶块建筑遗迹，被认为可能是神庙建筑，而位于凌家滩遗址的最高处，面积约 1200 平方米的大型祭坛遗址是我国目前已知的同时期规模最大的一处祭坛遗址。
凌家滩玉鹰
凌家滩文化最为知名的是在这里发掘出的精美玉器，包括玉人、玉龟、玉鹰、玉斧、玉版等。其中出土的含山玉版上刻有原始八卦图，含山玉版和玉龟同时出土，玉版夹放在玉龟的龟甲里面。这正好和《太平寰宇记》中“伏羲于蔡水得龟，因画八卦之坛”的记载相吻合。伏羲画“八卦”为中国传说中最早的符号创造行为，八卦以横线的方式，用“—”代表阳，用“——”代表阴，用三个这样的符号，组成八种不同形式，分别代表天、地、风、雷、水、火、山、泽等八种自然元素，象征世界的变化与循环，成为中华文明的重要图腾。含山玉版的出土进一步证明了长江流域也是中国文明的重要源头之一。
凌家滩文化的含山玉版和玉龟
[1] 已知世界最古老的独木舟出土于荷兰了，其年代约为公元前 6300 年。在英国约克郡一个沼泽里，也发掘出了一支公元前 7500 年的已发现世界上最早的木桨。
[2] 汉麻布属于纤维型的大麻，有“国纺源头，万年衣祖”之称，《大戴礼记》所记载的“麻、黍、稷、麦、菽（大豆）”五谷中的麻不是亚麻，而是指这种纤维型的大麻。
