蒋介石发动反革命政变后,国民党广东省党部派邢觉非前往琼崖下达“清党”命令,中共广东省委派孙成达通知琼崖地委转移。孙成达在船上遭遇警察搜捕,脱险下船后几经周折寻找琼崖地委又遭遇盘查。当日,琼崖地委书记王文明与中凯农民协会主任冯白驹分析当前形势。王文明接到省委指示,立即部署转移,部分干部幸免于难。冯白驹转移途中遭遇追捕,林茂松、孙成达机智相救,众人脱险。反革命政变中,地委委员李爱春及500多名共产党人和革命群众惨遭杀害。6月,琼崖地委改为特委,杨善集任特委书记,面对严峻形势,特委决定各县武装统编为讨逆革命军。9月,讨逆革命军发起椰子寨战斗,打响了琼崖人民武装反抗国民党反动派的第一枪,迅速占领了椰子寨。驻嘉积的国民党军第33团进行反扑,在加所坡战斗中,杨善集、讨逆军副总司令陈永芹壮烈牺牲。广东省委常委杨殷来琼,主持特委扩大会议,王文明当选特委书记,冯白驹为特委候补委员。讨逆军改为工农革命军,在东路军总指挥徐成章的配合下攻下陵水。12月,陵水县苏维埃政府成立。省委特派员强令攻打海口,徐成章牺牲。
1928年2月,工农革命军改为工农红军。王文明从实际出发,采取“不硬顶,灵活执行”的策略,使处于危险境地的琼崖革命得以继续发展。3月,国民党军蔡廷锴部进驻琼崖,对苏区和红军进行第一次“围剿”。王文明派孙成达去母瑞山开创根据地。在反“围剿”战斗中,红军总司令冯平和政治部主任符节被捕后英勇就义。6月,省委指示黄学增任特委书记,强调“以城市为中心”开展工运、兵运,决定特委迁到海口。冯白驹奉命潜入海口为特委安排驻地。王文明受到批评,为保存革命火种,去母瑞山建设革命根据地。蔡廷锴亲自督战“围剿”母瑞山,强迫黎族百姓砍山开路。王文明为不伤及群众,带领红军转移。1929年初,冯白驹被派到澄迈县任县委书记,立即着手恢复县委,建立武装。王文明为粉碎敌人围困,在母瑞山深处发动群众,开展生产自救。黄学增强令海口市委书记王德彪开展兵运,王德彪完不成任务,提出辞职。蔡廷锴命特务大队侦察中共特委机关。
王德彪被捕叛变,特委及海口市委遭受重大损失。6月,王文明领导恢复母瑞山根据地,发展武装,成立琼崖红军独立团。7月,官天民牺牲,黄学增被捕后被杀害,特委机关被破坏,这个惨痛教训证明“以城市为中心”的方针是错误的。紧要关头,冯白驹建议重建特委,王文明主持内洞山会议选举临时特委。经省委批准,新的琼崖特委正式成立,王文明为书记。王文明因病郑重提议由常委冯白驹主持工作。1930年1月,王文明病逝。2月,冯白驹到上海向中央汇报工作,周恩来高度评价琼崖革命。琼崖第四次党代会,冯白驹当选特委书记。特委发动红5月军事攻势,成立了琼崖红军独立师。广东行动委员会受李立三“左”倾冒险主义影响,强令琼崖红军攻打海口惨遭失败,红军减员400多人。冯白驹果断停止攻打海口,回到琼崖既定方针。特委决定建立女子军,苦大仇深的妇女们成为女战士。
红军在纱帽岭伏击敌人,女兵们首次参战,巧妙地诱敌深入,配合红军主力实施包抄。经过激战,毙敌100多人,俘虏70多人,国民党乐万地区剿共总指挥陈贵苑被活捉。女子军特务连英名传遍全岛。1931年8月,中共广东省军委书记李硕勋来琼指导工作,在海口被捕。琼崖特委派交通员联系营救,冯白驹带领红军战士准备劫刑场。鉴于形势恶劣,李硕勋对琼崖特委和地下党的同志们发出第一道也是最后一道命令:取消营救行动,坚持斗争到底,胜利是属于琼崖人民的。李硕勋在海口东校场英勇就义。半年后,赵君陶生下了李硕勋的遗腹女儿,取名李琼。1932年,琼崖肃反扩大化,冯白驹果断中止了肃反运动。此时,国民党军陈汉光部对琼崖红军发起第二次“围剿”。冯白驹带领特委和琼苏干部向母瑞山深处转移。为减轻母瑞山压力,独立师与敌人周旋,政委冯国卿壮烈牺牲,师长王文宇被捕后英勇就义。女子军在阻击敌人的战斗中损失惨重。
冯白驹带领100多名干部战士在母瑞山坚持斗争,环境极为艰苦。因为缺粮,符大娥尝野菜中毒险些丧命。伤员宁愿牺牲自己,省下吃的留给同志。百姓支持红军战士,纷纷往山上偷运物资。云婆婆为了给山上的战士们送粮食,小孙子被特务杀害。冯白驹感慨地说:山不藏人,人藏人。山上的战士分批下山联络,或杳无音讯,或被敌人截击牺牲。在敌人的监狱里,被捕的女子军干部战士受尽酷刑。敌人的包围圈越来越小,加上饥饿疾病,坚持8个月后,冯白驹决定集体下山,冲出包围。山下隐蔽斗争的黎民、刘秋菊从敌人的布告中判断出冯白驹等还在坚持斗争,主动出击接应。1933年4月,冯白驹带领幸存的25名干部战士成功突围,回到琼山老区。冯白驹坚信,只要和群众站在一起,就有革命的力量。
冯白驹令刘秋菊、林茂松到文南区恢复党组织。在吴克之的协助下,刘秋菊、林茂松有了一个消灭叛徒的机会,但林茂松只打中了王德彪的肩膀,锄奸未能成功。1937年6月,陈玉清在香港找到了中央南方临时工委,冯白驹立即赶往香港向上级汇报工作。云广英传达了毛泽东在瓦窑堡会议上的指示:建立广泛的抗日民族统一战线。回到琼崖后,冯白驹主动给琼崖国民党当局写信,派黎民去与当局谈判。由于国民党当局毫无诚意,谈判陷入僵局。冯白驹亲自前去谈判,被特务大队秘密逮捕。南方工委派李明任特委书记,特委一面营救,一面争取社会各界支持,同时请求上级帮助。府城各界人士呼吁无条件释放冯白驹,实业家邢二爷也在请愿书上签字。黎民找152师师长陈章当面要求放人。
由于舆论压力,国民党当局不敢杀害冯白驹,只好上报。上级虽批复同意枪决,但又要上报南京政府。特委密切关注敌人动向,积极准备营救。特务大队害怕共军劫狱,故意制造事端,谎称马上枪决,秘密将冯白驹转移。吴克之上当,闯入牢房营救,被特务包围,暴露了身份。周恩来对冯白驹被捕十分重视,亲自找蒋介石交涉。1937年12月,蒋介石下令释放冯白驹。冯白驹同国民党当局重开谈判,围绕红军改编,国民党当局坚持把红军编入国民党军。冯白驹坚持我党独立自主的原则,双方相持不下,谈判旷日持久。1938年9月底,日军轰炸海口,琼崖国民党正规军调离,守备司令王毅深知力量薄弱,同意了琼崖特委提出的原则要求。10月,琼崖国共合作抗日协议达成。