蒋介石发动反革命政变后，国民党广东省党部派邢觉非前往琼崖下达“清党”命令，中共广东省委派孙成达通知琼崖地委转移。孙成达在船上遭遇警察搜捕，脱险下船后几经周折寻找琼崖地委又遭遇盘查。当日，琼崖地委书记王文明与中凯农民协会主任冯白驹分析当前形势。王文明接到省委指示，立即部署转移，部分干部幸免于难。冯白驹转移途中遭遇追捕，林茂松、孙成达机智相救，众人脱险。反革命政变中，地委委员李爱春及500多名共产党人和革命群众惨遭杀害。6月，琼崖地委改为特委，杨善集任特委书记，面对严峻形势，特委决定各县武装统编为讨逆革命军。9月，讨逆革命军发起椰子寨战斗，打响了琼崖人民武装反抗国民党反动派的第一枪，迅速占领了椰子寨。驻嘉积的国民党军第33团进行反扑，在加所坡战斗中，杨善集、讨逆军副总司令陈永芹壮烈牺牲。广东省委常委杨殷来琼，主持特委扩大会议，王文明当选特委书记，冯白驹为特委候补委员。讨逆军改为工农革命军，在东路军总指挥徐成章的配合下攻下陵水。12月，陵水县苏维埃政府成立。省委特派员强令攻打海口，徐成章牺牲。
1928年2月，工农革命军改为工农红军。王文明从实际出发，采取“不硬顶，灵活执行”的策略，使处于危险境地的琼崖革命得以继续发展。3月，国民党军蔡廷锴部进驻琼崖，对苏区和红军进行第一次“围剿”。王文明派孙成达去母瑞山开创根据地。在反“围剿”战斗中，红军总司令冯平和政治部主任符节被捕后英勇就义。6月，省委指示黄学增任特委书记，强调“以城市为中心”开展工运、兵运，决定特委迁到海口。冯白驹奉命潜入海口为特委安排驻地。王文明受到批评，为保存革命火种，去母瑞山建设革命根据地。蔡廷锴亲自督战“围剿”母瑞山，强迫黎族百姓砍山开路。王文明为不伤及群众，带领红军转移。1929年初，冯白驹被派到澄迈县任县委书记，立即着手恢复县委，建立武装。王文明为粉碎敌人围困，在母瑞山深处发动群众，开展生产自救。黄学增强令海口市委书记王德彪开展兵运，王德彪完不成任务，提出辞职。蔡廷锴命特务大队侦察中共特委机关。
王德彪被捕叛变，特委及海口市委遭受重大损失。6月，王文明领导恢复母瑞山根据地，发展武装，成立琼崖红军独立团。7月，官天民牺牲，黄学增被捕后被杀害，特委机关被破坏，这个惨痛教训证明“以城市为中心”的方针是错误的。紧要关头，冯白驹建议重建特委，王文明主持内洞山会议选举临时特委。经省委批准，新的琼崖特委正式成立，王文明为书记。王文明因病郑重提议由常委冯白驹主持工作。1930年1月，王文明病逝。2月，冯白驹到上海向中央汇报工作，周恩来高度评价琼崖革命。琼崖第四次党代会，冯白驹当选特委书记。特委发动红5月军事攻势，成立了琼崖红军独立师。广东行动委员会受李立三“左”倾冒险主义影响，强令琼崖红军攻打海口惨遭失败，红军减员400多人。冯白驹果断停止攻打海口，回到琼崖既定方针。特委决定建立女子军，苦大仇深的妇女们成为女战士。
红军在纱帽岭伏击敌人，女兵们首次参战，巧妙地诱敌深入，配合红军主力实施包抄。经过激战，毙敌100多人，俘虏70多人，国民党乐万地区剿共总指挥陈贵苑被活捉。女子军特务连英名传遍全岛。1931年8月，中共广东省军委书记李硕勋来琼指导工作，在海口被捕。琼崖特委派交通员联系营救，冯白驹带领红军战士准备劫刑场。鉴于形势恶劣，李硕勋对琼崖特委和地下党的同志们发出第一道也是最后一道命令：取消营救行动，坚持斗争到底，胜利是属于琼崖人民的。李硕勋在海口东校场英勇就义。半年后，赵君陶生下了李硕勋的遗腹女儿，取名李琼。1932年，琼崖肃反扩大化，冯白驹果断中止了肃反运动。此时，国民党军陈汉光部对琼崖红军发起第二次“围剿”。冯白驹带领特委和琼苏干部向母瑞山深处转移。为减轻母瑞山压力，独立师与敌人周旋，政委冯国卿壮烈牺牲，师长王文宇被捕后英勇就义。女子军在阻击敌人的战斗中损失惨重。
冯白驹带领100多名干部战士在母瑞山坚持斗争，环境极为艰苦。因为缺粮，符大娥尝野菜中毒险些丧命。伤员宁愿牺牲自己，省下吃的留给同志。百姓支持红军战士，纷纷往山上偷运物资。云婆婆为了给山上的战士们送粮食，小孙子被特务杀害。冯白驹感慨地说：山不藏人，人藏人。山上的战士分批下山联络，或杳无音讯，或被敌人截击牺牲。在敌人的监狱里，被捕的女子军干部战士受尽酷刑。敌人的包围圈越来越小，加上饥饿疾病，坚持8个月后，冯白驹决定集体下山，冲出包围。山下隐蔽斗争的黎民、刘秋菊从敌人的布告中判断出冯白驹等还在坚持斗争，主动出击接应。1933年4月，冯白驹带领幸存的25名干部战士成功突围，回到琼山老区。冯白驹坚信，只要和群众站在一起，就有革命的力量。
冯白驹令刘秋菊、林茂松到文南区恢复党组织。在吴克之的协助下，刘秋菊、林茂松有了一个消灭叛徒的机会，但林茂松只打中了王德彪的肩膀，锄奸未能成功。1937年6月，陈玉清在香港找到了中央南方临时工委，冯白驹立即赶往香港向上级汇报工作。云广英传达了毛泽东在瓦窑堡会议上的指示：建立广泛的抗日民族统一战线。回到琼崖后，冯白驹主动给琼崖国民党当局写信，派黎民去与当局谈判。由于国民党当局毫无诚意，谈判陷入僵局。冯白驹亲自前去谈判，被特务大队秘密逮捕。南方工委派李明任特委书记，特委一面营救，一面争取社会各界支持，同时请求上级帮助。府城各界人士呼吁无条件释放冯白驹，实业家邢二爷也在请愿书上签字。黎民找152师师长陈章当面要求放人。
由于舆论压力，国民党当局不敢杀害冯白驹，只好上报。上级虽批复同意枪决，但又要上报南京政府。特委密切关注敌人动向，积极准备营救。特务大队害怕共军劫狱，故意制造事端，谎称马上枪决，秘密将冯白驹转移。吴克之上当，闯入牢房营救，被特务包围，暴露了身份。周恩来对冯白驹被捕十分重视，亲自找蒋介石交涉。1937年12月，蒋介石下令释放冯白驹。冯白驹同国民党当局重开谈判，围绕红军改编，国民党当局坚持把红军编入国民党军。冯白驹坚持我党独立自主的原则，双方相持不下，谈判旷日持久。1938年9月底，日军轰炸海口，琼崖国民党正规军调离，守备司令王毅深知力量薄弱，同意了琼崖特委提出的原则要求。10月，琼崖国共合作抗日协议达成。
