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《自然》子刊:给肿瘤设下进化陷阱!科学家开发新技术 利用肿瘤耐药性找到优选药物|

时间:2020-02-02 23:07:15

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《自然》子刊:给肿瘤设下进化陷阱!科学家开发新技术 利用肿瘤耐药性找到优选药物|

如果问癌细胞最强的武器是什么,奇点糕要给“进化”投一票。

癌细胞增殖远比正常细胞快,也就有着更多获取新技能的机会。在这样的情况下,各种治疗手段虽然能够给癌细胞造成生存压力,但同样也是癌细胞进化的一大动力。所谓的耐药性就是这样产生的。

但是,针对一种疗法的耐性,可能反而会赋予癌细胞对另一种治疗的敏感性。如果我们有方法找出这样的治疗配对,那么不光能够解决耐药问题,甚至还可以主动诱导癌细胞的耐药/敏感性,产生新的治疗组合。

近期,在《自然·遗传学》杂志上就发表了这样一项研究,科学家们开发出了一种基于CRISPR-Cas9的技术,可以找出这样的癌细胞“进化陷阱”~[1]

突然有一种癌细胞再能千变万化,也逃不出科学家的手掌心的感觉呀。

图源 | pixabay

在说这项技术之前,我们要先介绍一个概念,拮抗多向性(antagonistic pleiotropy,AP)。我们知道,单个基因可能不止控制一种性状,如果它同时表现出对机体有益和有害的影响,我们就可以说它具有拮抗多向性。

举个例子,亨廷顿舞蹈症是一种严重的遗传病,但是疾病基因序列中存在的大量CAG重复序列又与p53激活相关,这或许可以解释亨廷顿患者比较低的癌症发生率。

那么,在癌症的治疗中,癌细胞获得的耐药突变,换个环境,自然也有成为阿喀琉斯之踵的可能。

对于癌症治疗来说,这样的“进化陷阱”可能是不错的耐药对策。首先,获得性耐药一般都是通过遗传学或表观遗传学改变实现的,这从理论上就是可以被靶向的;其次,现在也有很多研究证据显示,各种化疗耐药性的上游大多是收束的,存在通用的效应因子,给癌细胞“挖个大坑”也是可能的;最后,当前很多治疗策略已经在使用多药组合,这并不是一个完全陌生的新领域。

问题在于,如何寻找“进化陷阱”呢?有没有什么通用的方法呢?

图源 | pixabay

如果谈金标准,那就是交叉移植,挨个儿测试,但是这效率也太低了。研究者们想出了一个通用的、利用CRISPR文库的新方法。

这个文库中包括11200个短向导RNA(sgRNA),针对2240个主要的细胞和致癌信号通路基因和另外150个调控基因。通过慢病毒转导、9种化疗药物的分别处理、深度测序,比较各组sgRNA的水平,就可以知道基因是导致药物的耐性、敏感性还是惰性了。如果某个基因在两个药物中表现出了不同的特性,那么一个“进化陷阱”就出现了。

在所有的2390个基因中,1174个基因都表现出了拮抗多向性,都是潜在的陷阱。

分析流程

可以看出药物之间的不同作用模式

当然,仅能够定性是不行的,最好我们还能够通过定量来评估这个“陷阱”够不够“深”,是否能够带来足够的治疗效果。

研究者提出了一个拮抗多向性指数(API),依据基因在所有条件下(n)表现出致敏(s)、耐药(r)、惰性(i)量化拮抗多向性的程度。感兴趣的读者也可以在这个网站中尝试着查一查↓

https://apicalculator.shinyapps.io/api_shiny_directory/

在本研究中,研究者们选择了API排名前15%的基因作为目标(API<4.5),总共有348个基因。从这里就能发现很多有趣的陷阱了。

可见ABT-199与JQ-1在很多情况下都表现出拮抗多向性

作为验证,研究者也测试了其中一组可能构成进化陷阱的药物,ABT-199和JQ-1,通过动物研究证实了JQ-1诱导的耐药可以导致对ABT-199的敏感性,也发现了背后由MYC介导的调控轴。

虽然本文的探索范围限于急性髓细胞白血病(AML),但是想必使用其他肿瘤的常用药物组合,也能够筛选出适用的新组合~

编辑神叨叨

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