一、跨境电商缴税困难
1.跨境电商缴税规则及税额不透明。不同国家行政部门存在明显的不统一，模糊的跨境电商的出口税收管理缺乏统一的指导意见，对于某些国家存在跨境电商纳税空洞，以及各类减免政策的管理不力，说无底线税率。
2.处理跨境电商交易税收不同问题引起的政策难题难以解决。如跨境电商发货地、境外收款地、交易平台属地和发货承运属地的纳税管理，由于各国税法的差别，在税务机关进行处理上，存在跨境税收征收的不同困惑。
3.跨境电商缴税复杂，需要解决跨境电商跨境收入征收形式、对价增值税和消费税征收方式、系统设置和复杂财税制度等一系列问题。
二、跨境电商 平台管控问题
1.跨境电商平台受限，尚未建立跨境电商热点新品推荐系统，商品体验渠道有限。无论是供应商还是消费者，对跨境电商的管理和使用都是很受限制的，无法得到一个比较全面的了解，尤其是在电商平台发展初期，热点商品的推荐系统的构建也还未完善，所有的新品更新及交流都需要十分谨慎周全来处理。
2.跨境电商平台制度不完善，安全性和可靠性有待提高。跨境电商在发展过程中还存在着一系列制度不足的现象，即跨境电商平台与消费者之间不尊重彼此权利，在电商平台上缺乏有效安全保障方案，可能带来消费者信息泄露和国家安全性问题。
3.跨境电商流量跟踪及支付重定向难题。现在的流量跟踪和支付重定向的技术在国际上还不是很成熟，而且由于各个国家之间的政策上的差异， 在财税上的差别，以及各个国家消费者保护方面的政策不同，给跨境电商流量跟踪及支付重定向带来更多的困难。
三、跨境电商交易安全问题
1.跨境电商极端竞争下的财务审计难题。随着全球贸易的发展，跨国公司的收入增加，跨境财务审计风险不断攀升，由于跨境电商的管理不健全，财务审计难以把控，让外商在跨境电子商务中处于不利地位。
2.跨境电商浏览器恶意攻击安全隐患。跨境电商新技术正在大规模应用，但相关安全风险仍存在，最常见的就是恶意攻击安全漏洞，特别是针对客户端（浏览器）的钓鱼、入侵病毒等，如果消费者在使用跨境电商时下载了恶意程序，会对其余半带来不可控制的损失。
四、跨境电商信用危机
一、安全性和可靠性问题
1、跨境电商平台网站安全性不高，缺乏访问权限设置，可能导致客户信息泄露；
2、支付系统在涉及货品流通加工服务时，可能出现安全漏洞而遭受数据盗取；
3、跨境电商交易有时会遇到延迟发货、运输失败的问题，造成用户的损失；
4、跨境电商平台由于过度依赖于信息化技术，却没有充分的完善和备份，可能会造成信息系统的崩溃和损坏，影响正常的商业模式。
二、法律法规问题
1、现行国际贸易法律规定和现行国际社会支持性法规不够完备，使跨境电商平台受到政策影响；
2、金融类法律法规不规范，容易出现利益争抢；
3、在多国政权不同的情况下，跨境电商存在电子商务法律空白的问题，造成用户和企业面临巨大的风险；
4、受限于法律法规，跨境电商平台可能不能完全符合当地消费者的需求，不能很好利用当地消费者的特色优势，影响业务发展。
三、技术限制问题
1、跨境电商因为交易跨国，由于不同国家之间技术水平差异，导致跨境电商服务质量受到限制；
2、互联网技术发展迅速，跨境电商发展缓慢难以与技术前沿保持同步；
3、英语不是所有国家的母语，跨境电商交易因文化差异存在着语言障碍；
4、技术设施落后，可能无法支持大数据实时接口，影响订单查询和发货速度。
四、服务市场问题
1、由于跨境电商存在多边贸易、多部门并网等特点，服务市场结构复杂，不利于服务整合；
2、服务供应者的服务质量和服务能力难以保证，充分体现客户需求受到了一定的阻碍；
3、诉讼服务价格不容易公开，容易导致价格曲面不合理，影响双方的利益；
4、消费者教育服务不完善，影响新消费者的进入，维护以消费者为中心的跨境电商平台。
五、品牌投资问题
1、跨境电商平台缺乏集中和强势品牌推广，影响终身组合准入和市场占有率；
2、由于跨境电商门槛偏低，使得企业不敢过度投入品牌建设，避免品牌民事纠纷带来不必要的损失；
3、跨境电商平台出现大量中小商户，转化率差，连锁反应会导致品牌基础损害；
4、跨境电商业务发展缓慢，投入过大风险很大，有可能破坏企业投资计划，影响长期发展。
