一、交易条件不明显
跨境电商的交易条件相对笼统，不利于消费者清楚了解或者比较产品诸多方面的特性，也有可能导致消费者购买买错货，因此一定程度上影响了跨境电商的发展。
二、国际物流比较繁杂
国际物流环节比较繁杂，海关需要审核程序复杂，总体耗时长，给消费者带来了不好的体验。同时，由于物流方面的实际介入，也使跨境电商的能力在执行上有了一定的损耗。
三、协作不统一
由于跨境电商的发展相对比较新，和传统电商模式有着显著的不同，许多公司和企业并未能很好的理解或者接受跨境电商业务模式，双方在合作方面也存在着一些不统一。
四、境外供应商不可见
跨境电商在一定程度上也存在供应商信息不主动披露的情况，这也限制了消费者的了解和参考，当出现售后纠纷或者问题时，消费者也难以直接找到供应商，影响了跨境电商的发展。
五、货源受限
跨境电商的货源比较受限，通过实体形式获取货品抵达中国的时间段较长，而境外的供应商货源有限，同时也受限于证件、货币、文化及其他因素，使跨境电商发展受到一定程度的限制。
跨境电商的平台劣势
一、信用不可靠
由于跨境电商的发展历史仅仅可以追溯到上世纪90年代，相对于其它行业而言跨境电商公司的信用度还不高，周边的支持系统不完善，可能出现商品售后处理等方面存在突出问题，大大影响了跨境电商平台的可靠性，用户很难信任这样的平台去购物。
二、外商限制
由于跨境电商存在国际贸易规模，国外管辖权大大加强了对规范限制，影响了跨境电商平台发展，同时也使得跨境电商平台在物流信息及其他数据的跟踪上变得复杂以及麻烦，这也加大了跨境电商平台的投资和发展成本。
三、服务体验不足
跨境电商平台服务人员的不熟练和空缺会影响跨境电商平台的服务水平，令用户服务体验不佳，有时候会造成沟通不畅和客户流失等等，用户的满意度下降，导致跨境电商平台发展受阻。
四、支付方式不完善
目前主要支付方式有银行卡支付和信用卡支付，还有一些中国市场上并不熟悉的支付工具，这些支付方式的使用操作要求复杂，用户往往不愿意使用，真正的支付率不能真正达到跨境电商平台的设想。
五、竞争激烈
跨境电商行业近些年发展迅猛，尤其是在中国市场上，涌现出了许多新的电商企业，在同一个市场空间中竞争势头很大，因此跨境电商平台很难在被强大同行和科技进步拖累下发展，也就造成了电商竞争的激烈。
六、准入门槛高
跨境电商要求准入门槛和其它行业的电商要求的高，这就导致不少的企业和经营者在可以发展跨境电商平台上却不愿意付出更多的时间和精力来发展，而更加倾向于更加能够快速吸纳经济效益的电商领域。
七、技术不够完善
相比其他行业，跨境电商行业的技术和技术支持并不够完善，相应的技术平台也还处于较为初级的发展阶段，经常出现技术对接的过程中出现各式各样的\\运行缺陷，这给服务发挥很大影响用户未来的体验。
八、物流不够完善
一个应用跨境电商的平台往往比起其他行业的电商平台更加依赖于物流，但由于国际物流势头尚未达到高发展程度，尤其是对内陆地区较为落后，所以跨境电商平台受物流约束较大，尤其是在运费支付上受压制较严重。
九、资金配置不合理
