一、海关检查杂乱
跨境电商平台带来的商务活动必须经过海关检查，所以需要企业提交大量繁杂的海关申报文件和订单。一旦缺少一份文件，就会影响货物的进口申报，加重对接口的窗口的手续负担，影响订单的快速通过海关的审批。
二、商业体系未完善
跨境电商平台依赖于组合电子商务业务的体系，特别是需要从线上宣传销售到物流发货、支付清算等关键环节，如资本等渠道支持不足，则影响跨国电商订单的正常形成和完善。
三、网络安全漏洞
跨境电商平台受环境政策法律水平和安全问题的限制，尤其是网络安全漏洞，多采取更多的安全技术来确保电商的数据安全，如采用证书加密技术，使交易信息及隐私保护有效；设置安全访问服务器及备份系统，减少外部攻击风险。
四、合作难度高
跨境电商企业发展初期，因行业市场中存在相当多的垄断状态，经过双边谈判，以及签订战略投资合作协议，给企业带来巨大的压力，很难在经济上实现规模发展。
五、物流配送滞后
跨境电商物流各个阶段滞后，配送次日无法按时送达的情况经常发生；进出口行驶的货车在边境口岸的等待时间久，海关检查工作繁琐，物流配送滞后，给消费者提供的服务就不能达到足够的效率。
六、资质认证严格
跨境电商企业若想参与国际电子商务交易，必须经过一定资质认证才可以参与，需要企业确定国内和国外的机构对销售对象和经营活动进行管控，因此资质认证和备案要求很严格，难度比较大。
跨境电商平台的缺点：
一、技术层面的缺点：
1.网站开发技术更新滞后，由于同时涉及到从各地收集信息以及在多国区域内开展业务，平台具体功能在不同市场之间难以统一，容易出现技术上的混乱和卡顿。
2.海外消费者数据分析障碍，由于海外客户数据要经过跨境拦截，跨境电商平台对全球消费者行为分析障碍比较大，难以精准识别海外消费者喜好及需求行为。
3.跨境付款安全性问题，目前跨境电商涉及多国，涉及货币类型、文化、政策也就越多，因而也会存在跨境付款的安全性问题存在。
4.依赖物流和配送，物流是跨境电商复杂性最大的原因之一。跨境物流需要穿越多个国家和地区，有可能遭到监管部门拦截，也经常会出现延迟、破损、丢失等问题。
二、内容宣传层面的缺点：
5.消费者缺乏宣传信息，由于跨境贸易的特殊性，消费者对于这类商品的信息消费习惯小于国内商品，因此跨境电商平台也缺乏太多消费者宣传信息，容易闹出沟通和交易不畅的情况。
6.客户满意度低下，面对海外客户，跨境电商平台易出现满意度降低的情况，客户服务存在不能及时响应以及不能及时处理投诉问题。
7.文化沟通层面的差异，不同地区人们使用的沟通方式及文化习俗不同，因此在产品宣传和服务技巧上跨境电商平台也容易出现传播不准的情况。
三、政策层面的缺点：
8.政策不稳定，与跨境贸易乃至整个海外市场而言，以跨境电商形式开展活动的企业受到多个国家政策的制约，一旦政策发生古怪变化，跨境电商企业将面对种种不确定性的局面，难以承受贸易损失。
9.售后服务滞后，售后服务在跨境电商运营中也存在很多滞后的情况，比如说由于国外物流的受限，售后服务可能因此延后；另外，在海外客户的售后服务中，很多客户对服务响应时间较长也比较抵触。
10.应用难以统一，随着国内电商发展，我国跨境电商平台同时应用多种多样的第三方支付、物流、技术支持服务等，但是随着海外市场的开拓，它们之间的应用整合困难，也很容易碰壁。
