近年来，寿县新农合管理中心加大基金监管力度，从基金的筹集、拨付、存储、使用等各个环节着手，规范基金监管措施，健全监管机制，加强对基金运行情况的分析和监控，有效的保证了基金的安全运行。
寿县新农合基金全部纳入县财政实行专户管理和核算，收支两条线；新农合管理中心配备了四名具有中级职称的专职财会人员，建立了内部基金审核制度，合理设置了出纳会计、基金拨付会计、基金审核会计和总核算会计等会计岗位，并要求各不同岗位的会计人员，认真执行财政部、卫生部下发的新农合基金财务会计制度，严格监管每一笔所拨付的资金。同时县新农合管理中心每年按季度召开新农合运行情况分析会，以总结工作中遇到的新问题，通过分析会的形式，及时有效解决问题；另外县新农合管理中心对基金使用情况实行公示制度，并定期向县合监会和县合管会及有关成员单位报送基金使用情况信息。
