农民专业合作社发展存在一些问题是难以避免的。但需要各级各部门高度重视，给予有力地指导、扶持、服务和必要的监督、协调，农民专业合作社一定会健康发展，并在繁荣农村经济中发挥越来越大的作用。为此，提出以下建议：
1、强化教育引导，促进自我发展
一要充分发挥新闻媒体的作用，运用多种形式，大力宣传农民专业合作社的基本原则、组建办法和重大意义，营造发展农民专业合作社的良好社会氛围。二要采取贴近实际、贴近生活、贴近群众的办法，寓教于乐，大力宣传经济合同法、公司法、农产品流通知识、市场经济知识以及党在农村的现行法律、法规和政策，对干部群众“充电”，完善知识结构，增强其办好农民专业合作社的能力。三要利用好现有农民专业合作社发展方面的典型人、典型事，树好典型，广泛宣传，通过典型，带动发展。
2、健全运行机制，做到规范发展
一要根据《中华人民共和国农民专业合作社法》等国家法律法规引导帮助农民专业合作社建立健全内部组织机构和章程，依法办理登记注册。二要引导农民专业合作社建立风险机制，在产、购、运、销和加工经营中提取一定比例的风险储备基金，用来弥补经营上的亏损，以保护为农民服务的连续性和稳定性。三要按照专业合作社内部运行管理机制，搞好其建立收益分配和积累等制度，保护社员的利益，保证专业合作社的快速、健康发展。四要促使其建立契约约束机制，确定合作社和农户各方的责任和权利，既保护农户利益，又能使其自身持续、快速、健康发展。
3、加强指导监督，推动有序发展
农民专业合作社尽管是“民办、民管、民受益”的农民自己的合作经济组织，但主管部门适当的指导监督管理，不失为农民专业合作社规范健康发展的有力保障。县、乡两级的农业、财政、林业、科技、水利、畜牧、农机等部门，要立足自身业务特点，各打各的优势仗，各唱各的品牌戏，组织创办服务型、科技型的农民专业合作社，为农户提供专业化、系列化服务，主管部门对农民专业合作社监督管理，不能事无巨细，应抓住主要矛盾和关键环节。一是制度管理监督，包括促其建立资产管理、教育培训、劳动人事、工资和保险等制度。二是财务管理监督，要重点掌握农民专业合作社的经营情况、分配情况、债权债务情况等，以此指导农民专业合作社的经营。三是民主管理监督，通过民主管理监督，促使其按照合作组织章程，充分行使社员的权力，参与民主管理。四是强化监督措施，指导其依法开展生产经营活动。对在经营中出现的问题，应依照法律和政策采取相应的措施，使农民专业合作组织在主管部门的监督管理下健康发展。
4、加大政策扶持，保障激励发展
根据国家及省、市出台的优惠政策及措施，结合我县实际，县政府组织农、林、水、工商、税务、财政、银信等部门，同有关专家一起，共同研究探讨适合我县农民专业合作经济组织发展的政策取向和目标、市场准入、组织形式、股金制度、保护政策、金融政策、经营服务、经济援助、奖励制度、监督管理等问题，形成共识，制订、出台具体可行的扶持政策和实施方案。县财政每年应拿出一部分专项资金用于对农民专业合作社的扶持和服务，并组织相关部门定期不定期检查资金的管理和使用情况，保证资金能够用于合作社的建设和发展等。
税务部门要在国家及省对农民专业合作社税收政策及措施的指引下，进一步放宽政策，对农民专业合作社自产自销农产品实行免税，对合作社经过简单加工的农产品免征增值税，对从事服务业的农民专业合作社实行税收优惠，对合作社兴办农产品加工企业实行税收优惠等。
银信部门要根据国家出台的支持农民专业合作社的金融扶持政策及措施等，搞好及开拓农民专业合作社的融资渠道，解决它们规模小、资金短缺的问题。要加大信贷支持，增加各级农村金融部门农业信贷资金规模，改进服务方式，减少审批环节，深化信用贷款制度改革，鼓励有条件的农民专业合作社发展信用合作，积极探索专业合作社及其成员（农户）信贷的多种渠道和途径。通过“专业合作社+小额信贷”解决农户资金投入不足的问题。
5、突出地方特色，积极稳妥发展
发展农民专业合作社应以做大做强、培特培优水稻、玉米种植、水果、蔬菜、畜牧养殖、药材、农机等优势产业为目标，以建立专业化乡镇、专业化村庄、专业化农户为重点，以全面发展、纵深服务、规范运作、延伸层次为主攻方向，在“专业化”上做文章，在增加农民收入、提高农民组织化上抓突破，构建多功能、多层次、全方位的农民专业合作组织体系。一是积极引导和组织农村能人围绕主导产业、特色经济、优势资源等，领头创建农民专业合作社。特别是要鼓励支持懂技术、善经营、会管理、能带领群众致富的能人领办创办农民专业合作社，并按照有机构、有牌子、有基地、有证照、有章程、有印章、有制度、有出资社员的“八有”标准，对现有的农民专业合作社进行规范提高，增强带动能力。二是搭建平台，充分发挥现有龙头企业的作用，加大招商引资力度，建立“龙头企业＋专业合作社＋基地＋农户”型的农民专业合作社，完善农业产业化链条，使农民专业合作社上有龙头依靠，下有基地农户，把服务推向纵深，推向加工、销售行业，提高安全系数，增强整体实力。三是加强对合作社社员的培训，特别是合作社负责人，要让他们都能做到通法律、懂经营、善管理。使合作社负责人的后备力量能跟得上。
