为进一步完善新农合监管机制，确保新农合基金安全、规范、合理、平稳运行。根据国家、省有关文件精神要求，以来菏泽市各县区积极探索“机构垂直、人员专职、定期轮岗、异地任职”的新农合管理体制，将新农合监管人员从医疗机构中分离出来，实现了管办分离，进一步规范了新农合经办机构内部监督制约机制，使新农合管理经办与乡镇卫生院的医疗服务相分离，确保了监管人员的独立性，有效保障新农合的健康有序运行。目前，全市多数县区乡镇卫生院全面实施新农合监管员派驻制度，有的县区还将此项工作延伸到县直和民营新农合定点医疗机构。
牡丹区合管办从乡镇卫生院现有卫生或财务相关专业的人员中，公开选拔一批新农合监管人员，经过严谨的报名、考试、公示、培训等程序后，向每个乡镇医院派驻3-5名新农合经办人员，主要负责乡镇卫生院的新农合审核、报销、管理和稽查工作。派驻监管人员由牡丹区合管办实行“五统一”垂直管理，即统一工作部署、统一考核管理、统一工资发放、统一人员调配、统一处罚标准，实行异地任职、定期轮岗和三年聘任制度，确保经办人员的独立性。牡丹区合管办和所服务医院每月对经办人员进行双重考核，实行动态管理。
曹县卫生局5月出台了《新农合经办机构工作人员公开选聘工作实施方案》和《关于进一步加强新型农村合作医疗管理机构、队伍建设的意见》，在实行的新农合专职监管员制度的基础上，实行管理模式新突破。在不增加人员编制、不增加政府投入的前提下，在全市率先将全部定点医院的新农合经办机构（下称农合办）从原单位分离出来，将各基层农合办确定为县农合办派出机构，由县卫生局垂直管理，工作统一部署、工资统一发放、人员统一调配、奖罚统一标准。为加强对经办机构工作人员的管理，曹县卫生局出台了《曹县新农合经办人员绩效考核办法》和《曹县新农合经办人员考勤办法》，县农合办每月对经办人员的工作进行一次考核，考核结果与工资福利待遇挂钩。对经办机构工作人员实行动态管理，凡考核不合格或连续两次考核最后一名的予以辞退。
成武县将专职新农合监管员统一派驻到定点医疗机构实时实地进行监管，除了向所有乡镇卫生院派驻专职监管员外，还向县直和民营新农合定点医疗机构派驻了监管人员。实行异地监管，挂牌上岗，并与专职监管员签订监管责任书。并制定专职监管员管理办法、考核办法和监管流程。
巨野县面向全县基层卫生院，按照德才兼备和“公正、公开、公平，择优录取”的原则，通过竞选，聘用了18名新农合监管员，于6月10日进行了新农合相关政策、法律法规知识培训，聘用人员掌握了新农合方面知识和稽查技巧，为下一步开展新农合监管工作打下良好的基础。
新农合经办机构的垂直管理和专职队伍的建立，使菏泽市县区级农合办有了下属具体办事机构和监管人员，延伸了监管范围，提高了监管能力，规范了监管行为，激活了监管机制，有效堵塞了监管漏洞，使菏泽市在新农合管理体制建设上又有了新的突破，监管水平又有了新的提高。
