它们的不同之处主要有如下几个方面：
加解密时采用的密钥的差异
从上述对对称密钥算法和非对称密钥算法的描述中可看出，对称密钥加解密使用的同一个密钥，或者能从加密密钥很容易推出解密密钥﹔而非对称密钥算法加解密使用的不同密钥，其中一个很难推出另一个密钥。
算法上区别：
①对称密钥算法采用的分组加密技术，即将待处理的明文按照固定长度分组，并对分组利用密钥进行数次的迭代编码，最终得到密文。解密的处理同样，在固定长度密钥控制下，以一个分组为单位进行数次迭代解码，得到明文。而非对称密钥算法采用一种特殊的数学函数，单向陷门函数( one way trapdoor function )，即从一个方向求值是容易的，而其逆向计算却很困难，或者说是计算不可行的。加密时对明文利用公钥进行加密变换，得到密文。解密时对密文利用私钥进行解密变换，得到明文。
②对称密钥算法具有加密处理简单，加解密速度快，密钥较短，发展历史悠久等特点，非对称密钥算法具有加解密速度慢的特点，密钥尺寸大，发展历史较短等特点。
密钥管理安全性的区别
对称密钥算法由于其算法是公开的，其保密性取决于对密钥的保密。由于加解密双方采用的密钥是相同的，因此密钥的分发、更换困难。而非对称密钥算法由于密钥已事先分配，无需在通信过程中传输密钥，安全性大大提高，也解决了密钥管理问题。
安全性
对称密钥算法由于其算法是公开的，其安全性依赖于分组的长度和密钥的长度,常的攻击方法包括:穷举密钥搜索法，字典攻击、查表攻击，差分密码分析，线性密码分析，其中最有效的当属差分密码分析，它通过分析明文对密文对的差值的影响来恢复某些密钥比特。非对称密钥算法安全性建立在所采用单向函数的难解性上，如椭圆曲线密码算法，许多密码专家认为它是指数级的难度，从已知求解算法看，160bit 的椭圆曲线密码算法安全性相当于1024bit RSA算法。
