5000元人民币在日本能够玩几天会因各种因素而异，以下是一些需要考虑的因素：
1. 季节：不同季节的旅游费用和行程不同。在日本四季分明，春天和秋天是旅游旺季，冬天是滑雪旺季。
2. 旅游路线：旅游路线因地点和商家不同，价格也会有所不同。
3. 住宿：日本的住宿价格较高，选择不同类型的住宿，价格差异也很大。
4. 饮食：日本的美食也是旅游者不能错过的一部分，餐厅的档次和食物种类都会影响旅游费用。
5. 其他费用：购物、交通、门票等都是旅游费用的一部分。
因此，5000元人民币在日本的旅游时间将因以上因素而异。建议在制定游玩计划之前根据实际情况进行详细的预算和规划。
