R语言绘制气泡矩阵图
示例图
之前在一些文章中看到过气泡矩阵的表达方法,该图形表达的意思就是不同样本中不同物种的丰度分布情况,气泡越大则是代表物种的相对丰度(或者说16S得到的绝对丰度)越大,在这个例图中则是表达了四个样本中三类不同的菌的分布情况。
实操
整个过程都是通过R代码复现,因为没有原数据所以这里使用的是示例数据,后期得到的图形还需要经过AI修改这里就不详细阐述了,水平有限勿喷。
示例数据格式:
代码:
setwd("C:/Users/机械师/desktop")#设置工作路径data<-read.csv('xijun.csv',header = T)#读入示例数据library(reshape2)#载入包library(ggplot2)#载入包data_melt<-melt(data,id.vars = "species")#把data中按照“species”的宽数据变成长数据names(data_melt)=c("species","sample","value")#重命名数据列名ggplot(data_melt,aes(x=sample,y=species,size=value,color=sample))+geom_point()+theme(panel.background = element_blank(),panel.grid = element_line("gray"),panel.border = element_rect(colour = "black",fill=NA))#ggplot2绘图,有点粗糙,见谅
结果:
调整:
导出pdf之后用AI修整即可
存留的问题:
该图形的一个问题是丰度为零的数据也显示了气泡大小,这个我琢磨了好一会没解决掉,各位有好的方法欢迎评论区指出。淦饭去了,么么哒