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graphpad细胞增殖曲线_GraphPad Prism绘制剂量反应曲线

时间:2021-03-20 01:33:25

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graphpad细胞增殖曲线_GraphPad Prism绘制剂量反应曲线

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上图是Sci文献中的dose–response curves (剂量反应曲线),横坐标是药物GS-Se-SG浓度的对数值,纵坐标是Rrelative cell viability(相对细胞活性,% of control),从图注中可以知道IC50为5.1μM。那么什么是IC50呢?

IC50(half maximal inhibitory concentration)是指被测量的拮抗剂的半抑制浓度。它能指示某一药物或者物质(抑制剂)在抑制某些生物程序(或者是包含在此程序中的某些物质,比如酶,细胞受体或是微生物)的半量。在凋亡方面,可以理解为一定浓度的某种药物诱导肿瘤细胞凋亡50%,该浓度称为50%抑制浓度,即凋亡细胞与全部细胞数之比等于50%时所对应的浓度。

IC50值可以用来衡量药物诱导凋亡的能力,即诱导能力越强,该数值越低,当然也可以反向说明某种细胞对药物的耐受程度。接下来我将使用GraphPad Prism5.0(win7,64位系统)绘制剂量反应曲线并计算IC50。

数据格式

A列为拮抗剂的浓度,浓度由小至大(0.625——10 mM),B-I (5个横排)为该浓度所对应的8个复孔的OD值除以对照组吸光度的平均值,然后转化为百分比。

步骤

Step1

打开GraphPad Prism 5.0,XY,选择Points only,Y输入8(因为数据每个拮抗剂浓度有8个复孔)replicate values in side-by-side subcolumn,Create。

Step2

输入数据;

在Graphs下可以看见此时数据Data1的图形;

Analyze,Transform,ok。

Parameters:Transform,选择Transform X values using X=Log(X)->ok。

Graphs下经过转换数据的图形如下:

Step3

Analyze,XY analyzes,Nonliner regression (cure fit),ok。

Dose-Response-Inhibition,选择log(inhibitor) vs. Normalized response—Variable slope,ok。

此时Graphs下经过计算得到的图形如下:

进行美化后最终效果如下(注:绘图时选择的Mean and Erroe:SEM,数据比较集中所以看起来像没有Error bar,修改为SD后可以看到Error bar,修改方法见GraphPad 绘制折线图或视频操作中):

在Data with Results下可以看见……Nonlin fit of Transform of Data1的结果:

在Best-fit values下,在横坐标Log(抑制剂浓度)在0.6041时细胞的活性刚好为50%,故该拮抗剂的半抑制浓度为IC50=4.019 mM

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