据台媒11月20日报道 台湾媒体人彭文正追查蔡英文的“论文门”事件，遭控告诽谤罪，但因他滞留美国，未能出庭因此被法官发布通缉。 对此，邱毅教授表示，这又是一件台湾司法迫害人权的案例，希望彭文正可以挺住，愿意提供自己当年与陈水扁缠斗多年的经验，给他借镜参考。
邱毅表示，这又是一件台湾当局“以司法迫害人权”的案例，首先案件的主体是蔡英文的博士学位被质疑是假的。 彭文正曾到英国伦敦大学政经学院去实地调查，并透过各种渠道找出不少证据，目前具体的疑点有三：一是蔡英文的博士论文正本在哪里？ 二是蔡英文何时进行博士论文口试？ 其口试委员是谁？ 三是为何蔡英文回台申请教职的各项申请表填写的博士论文题目均不相同？
邱毅指出，彭文正等人提出的疑点，蔡英文都无法做出令人释疑的答案，甚至其幕僚还有相互矛盾的回应。 不管如何，蔡英文针对这项质疑，想杜天下悠悠之口，最好的办法就是提出证据反驳，如博士学位证书及博士论文正本，绝对不是心虚提告，想以司法来恫吓质疑者，藉以压制社会怀疑的声浪。
邱毅认为，诽谤罪是量刑极轻的案件，现在台湾“司法”却以通缉来应对，并透过媒体大肆炒作，这种小题大做的行径，无非就是向蔡英文拍马屁、表忠诚，自然引发社会更强烈不满。
邱毅痛批，台湾“司法”一向受权和钱左右，有权钱判生，无权钱判死，现在蔡英文集各种大权于一身，彭文正受司法追杀的命运完全可以预期，希望彭文正可以挺住，也愿意提供自己当年与陈水扁缠斗多年的经验，作为很好的借镜参考。
彭文正因追查蔡英文假博士案遭以诽谤罪起诉，台北地院在8月20日开庭审理经点名3次仍未现身，承审法官姚念慈请公诉检察官刘承武表示意见，刘则声称：“彭早知道开庭时间，被告滞留美国，蓄意不到庭，拖延诉讼，藏匿、逃亡美国，显示在台无固定住居所，有逃亡之虞，已经可以通缉了，声请法院依法拘提。”
